年底公司不结清工资是否合法，需视具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况：不合法
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这表明，按月支付工资是用人单位的基本义务。如果公司无正当理由到年底都不结清工资，这构成拖欠工资的违法行为。
进一步地，《中华人民共和国劳动合同法》也规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者有权解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿。同时，劳动行政部门有权责令用人单位限期支付劳动报酬，逾期不支付的，还需按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
举例：假设小李在一家公司工作，每月工资5000元，但到了年底公司仍未结清最后两个月的工资。这种情况下，公司就构成了拖欠工资的违法行为，小李有权要求公司立即支付工资，并可能要求公司支付经济补偿和赔偿金。
二、特殊情况：可能合法
然而，也存在一些特殊情况下，年底不结清工资可能是合法的：
约定支付周期非按月：如果用人单位与劳动者在劳动合同中有明确约定工资支付周期并非按月，例如按季度、按项目结算等，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，同时用人单位按照约定时间和方式支付了工资，那么年底不结清工资在这种情况下是合法的。
不可抗力因素：如遇自然灾害、战争等不可预见、不可避免且无法克服的情况，导致用人单位确实无法按时支付工资，只要用人单位及时向劳动者说明情况，并在不可抗力因素消除后尽快支付工资，一般也不属于违法行为。
生产经营困难：若单位因生产经营困难暂时无法按时发工资，但只要与劳动者进行了沟通并说明情况，且在之后补发了工资，这种行为通常也不被视为违法。不过，这种情况下用人单位可能需要向劳动者说明具体困难，并获得劳动者的理解和同意。
三、劳动者权益保护
对于劳动者而言，如遇到单位无缘无故地拖欠工资或找各种理由不发工资的情况，应积极维护自己的合法权益。具体途径包括：
与用人单位协商：首先尝试与雇主或人力资源部门冷静、理智地沟通，了解工资未结清的具体原因，并表达要求尽快解决的诉求。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，提交投诉书及证明劳动关系的材料（如劳动合同、工作证、考勤记录、工资条等），由劳动行政部门进行调查处理。
申请劳动仲裁：如果投诉仍未解决问题，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提交仲裁申请书及相关证据材料。仲裁委员会将审理并作出具有法律效力的裁决。
提起诉讼：对仲裁裁决不服或用人单位不履行裁决时，劳动者可在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，通过法院判决强制用人单位支付工资及可能的赔偿金。
建议：在整个维权过程中，劳动者应始终保留好所有相关证据，如沟通记录、投诉材料、仲裁申请书、起诉状等。同时，保持冷静和理智，避免情绪化的表达方式，有助于更有效地解决问题。
综上所述，年底公司不结清工资是否合法需根据具体情况来判断。在大多数情况下，无故拖欠工资是违法的；但在特定情况下，如存在合法约定或不可抗力因素等，年底不结清工资可能并不构成违法。无论何种情况，劳动者都应了解自己的权益并采取相应措施来保护自己。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。