赔偿协议中先支付一部分钱是合法的，但具体是否合法以及后续操作需结合协议内容、双方约定及法律规定来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、协议内容合法性
双方自愿原则：赔偿协议是双方基于自愿、平等、公平的原则达成的，只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法有效的。因此，如果双方在协议中明确约定先支付一部分钱作为赔偿的预付款或部分赔偿，这是完全合法的。
协议条款明确性：协议中应明确约定赔偿的总金额、支付方式、支付时间等关键条款。如果协议中只约定了先支付一部分钱，但未明确剩余款项的支付时间和方式，可能会引发后续纠纷。因此，在签订协议时，双方应尽可能明确所有条款，以避免不必要的法律风险。
二、后续操作建议
保留证据：无论先支付多少款项，双方都应保留好支付凭证，如银行转账记录、收据等，以证明支付行为的发生和金额。这是后续维权或解决纠纷的重要依据。
明确剩余款项支付：如果协议中约定了先支付一部分钱，那么双方应明确剩余款项的支付时间和方式。可以在协议中约定一个具体的支付日期，或者约定在满足某些条件（如完成某项工作、达到某个里程碑等）后支付剩余款项。
考虑违约责任：为了保障协议的履行，双方可以在协议中约定违约责任。如果一方未按照协议约定支付款项，应承担相应的违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。这有助于增强协议的约束力，促进双方诚信履行。
三、可能存在的法律风险及应对
支付方违约风险：如果支付方在支付了一部分钱后，拒绝支付剩余款项，接收方可以依据协议约定和法律规定，要求支付方继续履行支付义务，并承担违约责任。如果协商无果，接收方可以向法院提起诉讼，要求支付方支付剩余款项及违约金等。
接收方违约风险：如果接收方在收到部分款项后，未按照协议约定履行相应义务（如提供服务、交付货物等），支付方可以要求接收方继续履行义务，并承担违约责任。同样，如果协商无果，支付方也可以向法院提起诉讼。
总结与建议：赔偿协议中先支付一部分钱是合法的，但双方应明确协议内容、保留支付凭证、明确剩余款项支付方式和时间，并考虑约定违约责任以保障协议的履行。如果遇到任何法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。