股东股权被回购时，其委派员工的处理需根据具体情况分情况讨论，核心结论如下：

1. 劳动合同的履行与变更
   若员工与目标公司（股权被回购方）直接签订劳动合同，则股权回购本身不直接影响劳动合同效力。根据《劳动合同法》第三十四条，用人单位发生合并、分立等情形，原劳动合同继续有效，由承继其权利义务的用人单位继续履行。因此，新股东需承接原股东委派员工的劳动关系，不得单方解除合同（除非存在法定解除事由，如严重违纪、不能胜任工作等）。
   例外情形：若回购协议中明确约定员工随股权转让一并转移至原股东其他关联企业，且员工同意变更劳动合同主体，则可依法办理变更手续。

2. 委派关系的终止与补偿
   若员工系原股东基于股权关系委派至目标公司担任董事、监事或高管，股权回购可能导致委派关系终止。此时需区分两种情况：

   • 法定终止：根据《公司法》第四十五条，董事任期届满前可因股东会决议或委派股东撤换而终止职务，但公司需依法支付经济补偿（若构成违法解除，需按《劳动合同法》支付赔偿金）。
     
   • 协议终止：若委派协议或劳动合同中约定“股权回购时委派关系自动终止”，则需审查该条款是否违反法律强制性规定（如不得排除劳动者合法权益）。若条款有效，公司可终止职务，但仍需按约定或法定标准支付补偿。

3. 员工权益保护路径

   • 协商解决：建议新老股东、目标公司与员工四方协商，通过签署补充协议明确员工去留、补偿标准及竞业限制等条款。
     
   • 劳动仲裁/诉讼：若协商无果，员工可依据《劳动争议调解仲裁法》申请仲裁，主张工资、经济补偿、赔偿金等权益。需注意仲裁时效为1年，自知道或应当知道权益受损之日起计算。
     
   • 股东连带责任：若原股东未依法处理员工关系导致目标公司损失，新股东可依据股权回购协议追究原股东违约责任；若目标公司财产不足清偿，员工可依据《公司法》第二十条主张股东滥用权利时的连带责任（需证明股东存在恶意逃避债务等情形）。

实务建议：

• 对原股东：在股权回购协议中明确员工安置方案（如由原股东接收、支付补偿金等），避免遗留劳动纠纷。
  
• 对新股东：接管前应尽职调查目标公司劳动关系，要求原股东提供员工名单、劳动合同、社保缴纳记录等材料，评估潜在风险。
  
• 对员工：保留劳动合同、工资条、委派文件等证据，若遭遇违法解除，及时委托律师计算赔偿金额并启动法律程序。
  

如有具体案例或合同条款需分析，可直接提供细节，我将进一步解答。