在处理员工离职后的股权回购问题时，我们需要综合考虑公司章程、股东协议、法定规则以及双方协商的结果，以确保整个过程的公平性和合法性。以下是对这一问题的详细解答：
一、依据公司章程处理
强制回购条款：
- 若公司章程中明确规定了离职员工的股权需由公司以特定价格（如上一年度经审计的每股净资产值）进行回购，那么公司应按照此规定执行，以维护公司股权结构的稳定性。
限制转让条款：
- 章程可能限制离职员工将股权转让给外部第三方，要求优先转让给公司或现有股东，并设定转让期限和优先购买权。这种情况下，离职员工需遵循章程规定进行股权转让。
二、遵循股东协议约定
分期回购：
- 股东协议可能约定公司对离职员工股权进行分期回购，以减轻公司的资金压力。这种情况下，公司需按照协议约定的时间和金额进行回购。
业绩挂钩回购：
- 协议可能根据员工在职期间的业绩表现确定回购价格或是否回购。这体现了股权激励与业绩挂钩的原则，激励员工在职期间为公司创造更多价值。
三、适用法定规则
自由转让权：
- 在无特别约定的情况下，离职员工依法享有股权转让权利。转让给其他股东需遵循公司法规定的程序；转让给外部第三人需经其他股东过半数同意。
特殊情况处理：
- 如离职员工因死亡等特殊原因需处理股权时，其合法继承人可依法继承，但受公司章程约束。此外，若员工被开除，公司可能有权按约定或法定规则强制转让股权。
四、协商处理
协商价格：
- 当公司章程和股东协议无明确规定，且法定规则不能完全解决问题时，公司和离职员工应通过协商确定股权处理方式。双方可根据公司实际经营情况、市场前景等因素协商确定股权转让价格，或聘请评估机构进行评估。
协商转让方式：
- 除现金回购外，双方还可协商以其他资产或权益进行交换，或约定在一定条件成就时再进行股权处理。这种方式更加灵活，能够满足双方的不同需求。
五、特殊情形处理
员工主动离职：
- 通常需按公司章程或股东协议约定处理股权，或通过协商确定转让方式和价格。这种情况下，员工应提前了解公司章程和股东协议的相关规定，以便做好离职准备。
员工被开除：
- 公司可能有权按约定或法定规则强制转让股权。价格可通过协商或评估确定，确保处理过程的公平性。在这种情况下，员工应了解自己的权益和可能面临的后果，以便做出合理的决策。
六、回购协议签订要点
明确回购主体与条件：
- 协议中应明确回购主体（即公司）和回购条件（如员工因特定原因离职时）。
确定回购价格：
- 回购价格可按公司净资产、估值等合理方式计算，并明确在协议中。
约定支付方式与时间：
- 协议中应约定支付方式（如一次性支付或分期支付）和具体时间节点。
界定双方权利义务：
- 协议中应清晰界定双方的权利义务，包括员工配合办理股权变更手续等。
规定违约责任：
- 若一方违约，应承担何种赔偿责任应在协议中明确规定。
注意协议生效条件与争议解决方式：
- 协议应明确生效条件（如双方签字盖章且满足特定条件时生效）和争议解决方式（如协商、仲裁或诉讼）。
综上所述，处理员工离职后的股权回购问题需综合考虑多方面因素。在实际操作中，应首先查阅公司章程和股东协议的相关约定；若无特别约定则遵循法定规则；在必要时通过协商达成共识。整个处理过程应遵循公平、公正、合法的原则，充分保障双方的合法权益。