公司章程约定公司回购的股权，通常需根据回购目的、程序及后续处理方式依法进行，具体处理方式需结合章程约定及公司法规定综合判断。以下分情况说明：

1. 回购目的为减资或员工激励等合法情形
   若章程约定回购股权的目的符合《公司法》第74条（异议股东回购请求权）、第142条（股份公司回购情形）等规定（如减资、合并分立、员工持股计划等），公司回购后需在10日内注销股权（有限责任公司）或6个月内转让或注销（股份有限公司）。例如：

   • 有限责任公司章程约定“股东离职时公司回购其股权”，若回购后公司未减资，需将股权转让给其他股东或第三人，否则可能面临工商登记障碍；
     
   • 股份有限公司为实施股权激励回购股权的，需在6个月内将股权授予激励对象，逾期未转让的需注销。

2. 回购程序需符合章程及法定要求
   即使章程约定了回购条款，仍需履行法定程序：

   • 有限责任公司：需经股东会特别决议（代表2/3以上表决权股东通过），并签订书面回购协议，明确价格、支付方式等；
     
   • 股份有限公司：需通过股东大会决议，且回购股份不得超过已发行总额的10%，并在规定期限内处理。
     若程序违法（如未决议、价格显失公平），股东可主张回购协议无效或要求公司继续履行。

3. 回购后股权的权属变更
   回购完成后，公司需及时办理工商变更登记：

   • 注销股权的，需减少注册资本并公告；
     
   • 转让股权的，需签订转让协议并变更股东名册。
     若公司未依法处理，回购的股权仍可能被认定为原股东所有，导致公司承担额外责任。

4. 特殊情形：章程约定“强制回购”的效力
   若章程约定“股东违反竞业限制时公司强制回购股权”，需注意：

   • 需明确回购价格计算方式（如按净资产值、评估值等），避免显失公平；
     
   • 需与《劳动合同法》衔接，若回购作为竞业限制补偿，需符合法定标准（如按月支付经济补偿）。
     若条款显失公平或违反强制性规定，可能被法院调整或认定无效。

建议：公司应提前在章程中明确回购目的、程序、价格及后续处理方式，并咨询律师确保合规；股东若对回购条款有异议，可要求公司补充说明或通过诉讼确认条款效力。如有具体条款或案例，可进一步向我咨询。