结论：严重警告扣发绩效奖金从立案期到结案时间二年是否合理，不能一概而论，需结合具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定、扣发绩效奖金的合法性及合理性等因素。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同的约定
公司规章制度：
- 如果公司规章制度中明确规定了，在员工受到严重警告等纪律处分时，可以扣发绩效奖金，并且该规章制度经过了民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论、协商），且已向员工公示或告知，那么公司扣发绩效奖金的行为在制度层面上是具有合法性的。
- 但规章制度中规定的扣发期限应当合理，不能无限期地扣发。二年作为扣发期限是否合理，需结合行业惯例、公司实际情况以及扣发目的（如惩罚、警示等）来综合判断。如果二年期限过长，可能被视为不合理，从而引发劳动争议。
劳动合同约定：
- 劳动合同是员工与公司之间约定权利义务的重要法律文件。如果劳动合同中明确约定了，在员工受到严重警告等纪律处分时，公司可以扣发绩效奖金，并且约定了扣发的期限和条件，那么公司应当按照劳动合同的约定执行。
- 同样，劳动合同中约定的扣发期限也应当合理，不能违反法律法规的强制性规定或公序良俗。
二、扣发绩效奖金的合法性与合理性
合法性：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，公司扣发员工绩效奖金应当有合法依据，如公司规章制度、劳动合同约定或法律法规的授权。
- 如果公司无法提供合法依据，或者扣发行为违反了法律法规的强制性规定，那么扣发行为可能被视为违法，员工有权要求公司补发绩效奖金并承担相应的法律责任。
合理性：
- 即使公司扣发绩效奖金的行为在制度层面和合同层面上具有合法性，但还需要考虑其合理性。合理性主要关注扣发期限、扣发比例以及扣发目的等方面。
- 如果二年扣发期限过长，或者扣发比例过高，导致员工生活受到严重影响，或者扣发目的并非为了惩罚或警示员工，而是出于其他不合理目的（如恶意克扣工资等），那么扣发行为可能被视为不合理，员工有权提出异议并要求公司进行调整。
三、建议与措施
与公司沟通协商：
- 如果员工认为公司扣发绩效奖金的行为不合理或违法，首先可以尝试与公司进行沟通协商，了解扣发的具体原因和依据，并表达自己的异议和诉求。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果沟通协商无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司补发绩效奖金并承担相应的法律责任。
- 如果对劳动仲裁结果不服，员工还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
进一步思考：在处理此类劳动争议时，员工应当注意收集和保留相关证据，如公司规章制度、劳动合同、工资条、扣发通知等，以便在劳动仲裁或诉讼过程中证明自己的主张。同时，员工也可以咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。