结论：在建设工程纠纷中，即使合同约定了以房抵工程款，承包人仍有权选择不履行该约定而要求支付工程款，但具体能否实现需视合同约定、法律规定及实际情况综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定与意思自治原则

   • 合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力。若合同中明确约定了以房抵工程款的方式，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该约定是有效的。
   • 然而，意思自治原则并非绝对，它受到法律、行政法规的强制性规定和公序良俗的限制。如果以房抵工程款的约定存在法律上的瑕疵，如房屋产权不明、存在抵押或查封等限制转让的情形，或者该约定显失公平、存在欺诈、胁迫等情形，承包人有权请求法院或仲裁机构变更或撤销该约定。

2. 承包人的选择权

   • 在合同有效且不存在法定变更或撤销事由的情况下，承包人原则上应按照合同约定履行。但这并不意味着承包人没有选择权。
   • 如果承包人认为以房抵工程款的方式对其不利，或者由于其他原因（如房屋位置、价值、市场情况等）不愿意接受房屋，承包人有权与发包人协商变更支付方式，或者通过法律途径要求发包人支付工程款。
   • 需要注意的是，承包人行使选择权时，应遵守诚实信用原则，不得滥用权利损害发包人的合法权益。

3. 法律后果与风险

   • 如果承包人选择不履行以房抵工程款的约定而要求支付工程款，发包人可能会提出抗辩，认为承包人违反了合同约定。此时，承包人需要提供充分的证据证明其选择权的合理性及合法性。
   • 如果法院或仲裁机构认定承包人的选择权成立，发包人应支付工程款。但如果认定承包人滥用权利或违反合同约定，承包人可能需要承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
   • 此外，如果以房抵工程款的约定被认定无效或被撤销，承包人也有权要求发包人支付工程款，并可能要求发包人承担因合同无效或被撤销而产生的损失。

4. 实际操作建议

   • 在签订合同时，双方应明确约定以房抵工程款的具体条款，包括房屋的位置、面积、价值、交付时间、产权过户等事项，以避免后续纠纷。
   • 如果承包人考虑不履行以房抵工程款的约定而要求支付工程款，建议先与发包人进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
   • 如果协商无果，承包人应及时咨询专业律师，评估法律风险和后果，并考虑通过法律途径解决纠纷。

总结：在建设工程纠纷中，承包人对于以房抵工程款的约定并非必须履行，而是有一定的选择权。但行使选择权时，应遵守法律规定和合同约定，避免滥用权利损害他人合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。