以房抵顶工程款协议纠纷，在司法实践中，通常会被按照建设工程施工合同纠纷来立案处理。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法律关系本质

以房抵顶工程款，实质上是建设工程施工合同双方就工程款支付方式达成的一种特殊约定。这种约定并未改变原建设工程施工合同的法律关系本质，只是将工程款的支付方式由货币支付变更为房屋抵顶。因此，从法律关系本质上看，此类纠纷仍属于建设工程施工合同纠纷的范畴。

二、司法实践处理

在司法实践中，法院在处理以房抵顶工程款协议纠纷时，通常会将其视为建设工程施工合同纠纷的一部分进行审理。这是因为，以房抵顶工程款协议往往与建设工程施工合同紧密相关，是建设工程施工合同履行过程中的一种特殊支付方式。法院在审理时，会综合考虑建设工程施工合同的履行情况、工程款的支付情况、房屋抵顶的合法性及有效性等因素，以作出公正的裁决。

三、立案依据

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，立案应当依据当事人之间的法律关系性质来确定案由。在以房抵顶工程款协议纠纷中，由于法律关系本质仍属于建设工程施工合同纠纷，因此法院在立案时通常会将其归类为建设工程施工合同纠纷进行审理。

四、特殊情况处理

当然，也存在一些特殊情况。例如，如果以房抵顶工程款协议本身存在独立于建设工程施工合同之外的争议点，如房屋权属争议、房屋价值评估争议等，且这些争议点足以构成独立的诉讼请求，那么法院在立案时可能会考虑将这部分争议单独立案处理。但这种情况相对较少，且通常不会改变原建设工程施工合同纠纷的主案由。

五、法律建议

对于涉及以房抵顶工程款协议纠纷的当事人，我建议：

1. 仔细审查合同条款：确保以房抵顶工程款协议的内容明确、合法，并符合建设工程施工合同的约定。
2. 保留相关证据：包括建设工程施工合同、工程款支付凭证、房屋抵顶协议、房屋权属证明等，以备在纠纷发生时提供有力的证据支持。
3. 及时咨询专业律师：在纠纷发生前或发生时，及时咨询专业律师，了解自身的权利和义务，以及可能的法律后果和解决方案。

综上所述，以房抵顶工程款协议纠纷在司法实践中通常会被按照建设工程施工合同纠纷来立案处理。但具体案件的处理还需根据实际情况和法律规定进行综合判断。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。