在检察院就虚开发票行为提起公诉时，被起诉的对象既可能是公司实际控制人，也可能是公司法定代表人，具体取决于案件事实和证据情况。以下从不同角度进行分析：

1. 实际控制人可能被起诉的情况：

   • 实际操控行为：如果实际控制人直接参与或指挥了虚开发票的行为，例如指示财务人员虚开发票、与交易对方串通虚开发票等，那么实际控制人很可能成为被起诉的对象。
   • 利益获取：若实际控制人通过虚开发票行为获取了非法利益，如逃避税款、骗取出口退税等，这也将成为起诉其的重要理由。
   • 责任承担：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。在实际控制人直接参与或指挥虚开发票行为的情况下，其可能被视为直接负责的主管人员。

2. 法定代表人可能被起诉的情况：

   • 名义代表：法定代表人作为公司的名义代表，如果其以公司名义实施了虚开发票的行为，且该行为被认定为公司行为，那么法定代表人可能因代表公司行事而被起诉。
   • 监管失职：如果法定代表人对公司财务、税务等事务监管不力，导致公司出现虚开发票等违法行为，且其存在过错或疏忽，那么法定代表人也可能因监管失职而被追究责任。不过，这种情况下通常需要证明法定代表人存在故意或重大过失。
   • 共同犯罪：在极少数情况下，如果法定代表人与实际控制人或其他人员共同实施了虚开发票行为，且其明知该行为违法仍参与其中，那么法定代表人可能构成共同犯罪而被起诉。

法律建议：

• 对于公司实际控制人和法定代表人而言，应严格遵守国家税收法律法规，不得实施虚开发票等违法行为。
• 公司应建立健全内部税务管理制度，加强对财务、税务等事务的监管和审核，确保公司税务行为的合法性和合规性。
• 如果公司或个人涉嫌虚开发票等违法行为，应及时向税务机关或公安机关报案，并积极配合调查和处理工作。

可能后果：

• 如果被起诉并认定有罪，实际控制人和法定代表人可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。
• 公司可能因虚开发票行为被税务机关处以行政处罚，如罚款、滞纳金等，并可能影响公司的信誉和经营状况。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。