结论：员工离职后公司已签订合同但员工本人还在公司的情况，可能涉及多种法律关系和后果，具体取决于离职的性质、合同的内容以及公司的后续行动。以下是从不同角度对此问题的详细分析。
一、离职性质与合同内容
离职性质：
- 如果员工是主动离职，且已按照公司规定办理了离职手续，但公司因某种原因（如工作交接未完成、合同未到期等）要求员工继续留任，这通常需要双方协商一致，并可能涉及对原合同的变更或补充协议。
- 如果员工是被动离职（如被解雇），但公司未及时办理离职手续或合同未到期，员工继续留任可能构成事实劳动关系，公司需承担相应的法律责任。
合同内容：
- 合同中关于离职、工作交接、保密义务、竞业限制等条款的具体内容，将直接影响双方的权利和义务。
- 如果合同中有明确规定离职后员工需继续履行某些义务（如保密、竞业限制等），员工需遵守这些规定，否则可能面临法律责任。
二、法律后果与风险
事实劳动关系：
- 如果员工离职后继续在公司工作，且双方未签订新的劳动合同或变更原合同，可能构成事实劳动关系。在这种情况下，公司需按照劳动法的规定支付工资、缴纳社会保险等，否则可能面临劳动仲裁或诉讼的风险。
合同变更与补充：
- 如果双方协商一致，可以对原合同进行变更或签订补充协议，明确离职后员工的权利和义务。这有助于避免后续的法律纠纷。
违约责任：
- 如果员工或公司违反合同中的约定（如未按时办理离职手续、未履行保密义务等），需承担相应的违约责任。这可能包括赔偿损失、支付违约金等。
三、建议与行动
对于员工：
- 明确离职意向，并按照公司规定办理离职手续。
- 如果公司要求继续留任，应与公司协商并签订书面协议，明确双方的权利和义务。
- 保留好与离职相关的所有证据（如离职申请、工作交接单、合同等），以备不时之需。
对于公司：
- 及时办理员工的离职手续，避免构成事实劳动关系。
- 如果需要员工继续留任，应与员工协商并签订书面协议，明确留任期间的权利和义务。
- 加强对合同的管理和审查，确保合同内容合法、有效，并明确双方的权利和义务。
进一步思考：在实际操作中，员工离职后公司已签订合同但员工本人还在公司的情况可能涉及复杂的法律关系和事实认定。因此，建议双方在处理此类问题时保持谨慎和理性，尽量通过协商和调解解决争议。如果无法协商一致，可以寻求法律途径解决纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。