对于同时存在违反《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国城乡规划法》的违法建筑，即同时涉及违法占地和违法建设的情况，相关部门会依据这两部法律以及其他相关法律法规，进行综合处理。以下是详细的处理流程和原则：

一、分别认定违法行为

首先，相关部门会分别依据《土地管理法》和《城乡规划法》对违法占地和违法建设行为进行认定。这包括确认违法占地的面积、性质、用途，以及违法建设的规模、结构、是否符合规划要求等。

二、分别作出处罚决定

1. 违法占地的处罚：

   • 责令退还土地：要求违法占用土地的单位或个人将非法占用的土地返还给原土地所有者或使用者。
   • 限期拆除与没收：对于违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；若符合土地利用总体规划，则可能没收这些建筑物和设施。
   • 罚款：对非法占用土地的行为，可并处每平方米100元以上1000元以下的罚款，具体金额根据违法情节确定。
   • 行政处分与刑事责任：涉及国家工作人员的违法占地行为，将依法给予行政处分；若占用耕地数量较大，造成耕地大量毁坏，还将追究刑事责任。

2. 违法建设的处罚：

   • 责令停止建设：一旦发现违法建设行为，相关部门会立即责令建设单位或个人停止施工。
   • 限期改正并处罚款：对于尚可采取改正措施消除对规划实施影响的，限期改正，并处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。
   • 限期拆除与没收：无法采取改正措施消除影响的，限期拆除；不能拆除的，没收实物或者违法收入，并可并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
   • 查封与强制拆除：若当事人不停止建设或逾期不拆除，县级以上地方人民政府可责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。

三、合并执行处罚决定

在分别作出处罚决定后，相关部门会综合考虑两种违法行为的情节和后果，确保处罚决定的合并执行。这意味着，违法者可能需要同时承担退还土地、拆除建筑物、缴纳罚款等多种法律责任。

四、因地制宜，灵活处理

具体的处罚措施和力度会根据不同地区的实际情况和政策有所差异。例如，某些地区可能对于违法建设的拆除有更为严格的规定，或者对于违法占地的罚款标准有所不同。因此，在实际处理过程中，建议咨询当地相关部门或专业律师以获取最准确的法律意见。

五、强调法律教育和预防

除了对违法行为进行处罚外，相关部门还会注重法律教育和预防工作。通过宣传法律法规、提高公众的法律意识，减少违法占地和违法建设行为的发生。同时，加强规划管理和土地监管，从源头上预防违法行为的产生。

综上所述，对于同时存在违法占地和违法建设的行为，相关部门将依据相关法律法规进行综合处理，确保违法行为得到全面纠正，恢复土地和建设秩序。