结论：针对员工凌晨偷跑怕担责任的情况，用人单位应首先明确员工行为是否构成旷工或违反公司规章制度，进而根据具体情况采取相应的管理措施或法律手段。以下从多个角度进行详细分析：

1. 员工行为性质认定：

   • 旷工认定：若员工未经批准擅自离岗，且该行为符合公司规章制度中关于旷工的定义，则用人单位可认定该员工旷工。根据《劳动法》及相关规定，旷工是严重违反劳动纪律的行为，用人单位有权依据规章制度对员工进行处罚，包括警告、罚款、解除劳动合同等。
   • 规章制度合规性：在认定员工旷工前，用人单位需确保公司规章制度已明确规定旷工的定义、处罚措施及程序，且该规章制度已通过民主程序制定并公示给员工，否则可能因规章制度不合规而面临法律风险。

2. 管理措施与法律手段：

   • 内部管理：对于轻微违规行为，用人单位可首先采取内部管理措施，如与员工沟通、进行纪律教育、要求员工书面检讨等，以促使员工认识到错误并改正。
   • 解除劳动合同：若员工行为严重违反公司规章制度或劳动纪律，且符合解除劳动合同的法定条件，用人单位可依法解除与该员工的劳动合同。在解除劳动合同前，用人单位需确保已履行法定程序，如提前通知工会、告知员工解除理由等。
   • 追责与赔偿：若员工行为给用人单位造成损失，用人单位可依据《劳动合同法》及相关规定，要求员工承担赔偿责任。赔偿范围通常包括直接经济损失和因员工行为导致的间接经济损失，但需注意赔偿金额应合理且需有充分证据支持。

3. 法律风险防范：

   • 完善规章制度：用人单位应不断完善公司规章制度，明确员工行为规范及处罚措施，确保规章制度的合法性和合规性。
   • 加强证据收集：在处理员工违规行为时，用人单位应注重收集相关证据，如考勤记录、监控录像、员工书面检讨等，以证明员工行为的违规性及给用人单位造成的损失。
   • 依法处理：用人单位在处理员工违规行为时，应严格遵守法律法规及公司规章制度的规定，确保处理程序的合法性和公正性，避免因处理不当而引发法律纠纷。

4. 特殊情况处理：

   • 若员工因紧急情况（如突发疾病、家庭变故等）凌晨偷跑：用人单位在了解情况后，可给予员工一定的理解和宽容，并根据实际情况调整管理措施或提供必要的帮助。
   • 若员工行为涉嫌违法犯罪：如盗窃公司财物、泄露商业秘密等，用人单位应立即报警并配合警方调查处理，同时可依据相关法律法规及公司规章制度对员工进行严肃处理。

建议：针对员工凌晨偷跑怕担责任的情况，用人单位应首先保持冷静和理性，通过合法途径查明事实真相并依法处理。在处理过程中，用人单位应注重与员工的沟通和协商，尽量通过和解或调解方式解决纠纷，以维护良好的劳动关系和公司形象。如有需要，用人单位可随时向我咨询相关法律问题，我将提供专业的法律意见和帮助。