结论：员工二次入司时公司扣钱是否合法，主要取决于扣钱的理由和方式是否符合法律法规。以下从不同角度进行分析：
一、不合法的情况
随意克扣工资：
- 根据《工资支付暂行规定》及《中华人民共和国劳动法》，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 如果公司仅仅因为员工二次入司就扣钱，没有合理依据和法律规定，这种做法是违法的。例如，员工按照正常流程二次入职，公司却无故扣除员工当月工资的一定比例，这侵犯了员工获得劳动报酬的权利。
违法设定违约金：
- 根据《劳动合同法》，除两种法定情形外（即用人单位提供专项培训并约定服务期、保密及竞业限制），用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
- 如果公司在不符合上述法定情形下，因员工二次入司而扣钱作为违约金，是不合法的。
二、合法的情况
员工违反服务期约定（若首次入司时有相关约定）：
- 当用人单位为劳动者提供专项培训费用，并进行专业技术培训，同时与劳动者约定了服务期时，若劳动者在服务期未满时辞职（包括首次入司后辞职），且二次入司时该服务期约定仍然有效（这取决于具体约定和法律规定），用人单位可以要求劳动者按约定支付违约金。但需注意，违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。不过，这种情况较为特殊，且通常与二次入司的直接关联性不强，更多是与首次入司时的约定有关。
员工给公司造成经济损失：
- 如果员工在二次入司后的工作过程中，因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
- 经济损失的赔偿可从员工工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
公司有明确的规章制度：
- 如果公司有经过民主程序制定并向员工公示的明确规章制度，规定在员工二次入司时可扣除一定款项（如入职培训费用等，但需确保这些扣除是合理且合法的），且扣除方式符合法律法规，那么这种扣除可能是合法的。但这种情况也需谨慎对待，因为并非所有规章制度中的扣除条款都是合法的。
三、员工权益保护建议
- 如果公司无正当理由扣除了员工的工资，员工可以通过以下途径维护自己的权益：
- 首先尝试与公司协商解决，要求返还被扣款项。
- 向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门调查并处理。
- 如果问题仍未解决，员工可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，要求公司支付被扣除的工资及相应的赔偿。
总结与进一步思考：员工二次入司时公司扣钱是否合法，需根据具体情况判断。员工应了解自己的合法权益，并在遇到不法行为时及时采取措施维护自身权益。如果对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。