挂靠公司合作协议本身并不能直接排除执行，但特定情况下可能构成对执行的抗辩理由。以下从不同角度为你详细分析：
一、挂靠公司合作协议的法律性质
挂靠公司合作协议，本质上是一种内部约定，它规范了挂靠方与被挂靠方之间的权利义务关系。然而，这种内部约定并不具有对抗第三人的效力。也就是说，如果挂靠方或被挂靠方与外部第三方存在债权债务关系，且该债务关系被法院确认并进入执行程序，那么挂靠公司合作协议并不能直接阻止法院对相关财产的执行。
二、可能构成执行抗辩的情形
尽管挂靠公司合作协议不能直接排除执行，但在某些特定情况下，它可能构成对执行的抗辩理由。例如：
财产归属争议：如果挂靠方能够证明被执行的财产实际上属于其所有，而非被挂靠方所有，那么挂靠方可以提出执行异议，要求法院停止对该财产的执行。这种情况下，挂靠公司合作协议中关于财产归属的条款可能成为支持挂靠方主张的重要证据。
合同无效或可撤销：如果挂靠公司合作协议存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫等），且这些情形与执行标的直接相关，那么挂靠方或被挂靠方可能可以主张合同无效或可撤销，从而阻止或延缓执行。但需要注意的是，这种情况下的抗辩需要满足严格的法律条件，并需要提供充分的证据支持。
执行程序违法：如果执行程序存在违法情形（如未依法送达执行通知书、未依法评估拍卖财产等），那么挂靠方或被挂靠方可以提出执行异议或申请复议，要求法院纠正违法执行行为。这种情况下，挂靠公司合作协议虽然不是直接抗辩理由，但可能作为证明执行程序违法的间接证据。
三、法律建议
完善合同条款：在签订挂靠公司合作协议时，应明确约定财产归属、债务承担等关键条款，以减少未来可能出现的争议。
及时提出异议：如果认为执行行为存在违法情形或执行标的存在归属争议，应及时向法院提出执行异议或申请复议，以维护自身合法权益。
寻求专业法律帮助：在处理涉及挂靠公司合作协议的执行问题时，建议寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案，帮助你更好地应对执行挑战。
总结来说，挂靠公司合作协议本身并不能直接排除执行，但在特定情况下可能构成对执行的抗辩理由。如果你面临涉及挂靠公司合作协议的执行问题，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。