结论：不推荐使用挂靠公司签订合作协议，这种做法存在较大的法律风险和合规问题。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律风险
合同效力风险：
- 根据《民法典》的相关规定，合同应当是双方真实意思的表示，且内容合法、不违反公序良俗。如果挂靠公司并非实际参与合作的一方，而是仅作为名义上的签约方，那么该合同可能因缺乏真实意思表示或存在欺诈、恶意串通等情形而被认定为无效或可撤销。
责任承担风险：
- 在挂靠关系中，如果实际合作方（即被挂靠方未直接参与但实际控制合作事务的一方）未能履行合同义务或造成损失，挂靠公司作为名义上的签约方可能需要承担法律责任。这可能导致挂靠公司面临不必要的法律纠纷和经济损失。
税务风险：
- 挂靠关系可能涉及税务问题，如虚开发票、偷逃税款等。如果税务机关发现挂靠行为，不仅可能对挂靠公司进行税务处罚，还可能对实际合作方进行追责。
二、合规问题
违反公司法规定：
- 根据《公司法》的相关规定，公司应当以其全部财产对公司的债务承担责任。挂靠行为可能违反公司法的原则，损害公司债权人的利益，从而引发合规问题。
行业监管风险：
- 某些行业对合作方的资质、信誉等有严格要求。使用挂靠公司签订合作协议可能违反行业监管规定，导致合作项目受阻或面临处罚。
三、实际操作建议
避免挂靠行为：
- 为了降低法律风险和合规问题，建议避免使用挂靠公司签订合作协议。如果确实需要与其他公司合作，应当直接以实际合作方的名义签订合同，并确保合同内容真实、合法、有效。
明确合作主体和责任：
- 在签订合作协议时，应当明确合作双方的真实身份和责任范围。如果涉及多方合作，可以签订多方协议或补充协议，以明确各方的权利和义务。
加强合规管理：
- 企业应当加强合规管理，建立健全的合规制度，确保合作项目的合法性和合规性。在签订合作协议前，应当对合作方的资质、信誉等进行充分调查和评估。
寻求法律支持：
- 如果对合作协议的法律效力、责任承担等问题存在疑虑，建议寻求专业律师的法律支持。律师可以根据具体情况提供法律意见和建议，帮助企业降低法律风险和合规问题。
最后，使用挂靠公司签订合作协议存在较大的法律风险和合规问题。为了保障企业的合法权益和降低风险，建议避免挂靠行为，并加强合规管理和法律支持。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。