结论：给乙方付款按工资入账是否合法，需根据双方实际法律关系及款项性质来判断。若双方为劳动关系且款项确为工资，则合法；若为非劳动关系或款项非工资性质，则可能不合法。以下从不同角度详细分析：
一、劳动关系下的合法性分析
劳动关系确认：
- 若乙方为甲方员工，双方存在劳动关系，且甲方支付给乙方的款项确为工资（包括基本工资、奖金、津贴等），则按工资入账是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬，且劳动报酬应当以货币形式按月支付给劳动者本人。
工资入账要求：
- 工资应当通过银行转账或现金形式支付，并保留支付记录作为凭证。
- 若通过银行转账支付，需在转账备注中注明“工资”字样，以便税务部门和劳动者本人查验。
二、非劳动关系下的合法性分析
非劳动关系确认：
- 若乙方并非甲方员工，双方不存在劳动关系，而是存在其他法律关系（如承揽关系、合作关系等），则甲方支付给乙方的款项不应按工资入账。
- 法律依据：不同法律关系下的款项支付有各自的规定和要求，如承揽关系下的报酬支付应遵循《中华人民共和国民法典》中关于承揽合同的规定。
款项性质判断：
- 若款项性质并非工资，而是劳务费、服务费、咨询费等，则应按相应性质入账，并缴纳相应的税费。
- 税务风险：若错误地将非工资款项按工资入账，可能导致税务部门对甲方进行税务稽查和处罚，同时也会影响乙方的个人所得税申报和缴纳。
三、特殊情况下的合法性分析
临时用工或非全日制员工：
- 对于临时用工或非全日制员工，若双方存在劳动关系且符合相关法律规定，则甲方支付给乙方的款项可以按工资入账。
- 注意事项：需确保用工时间、工资支付等符合非全日制用工的相关规定。
虚假工资入账：
- 若甲方为了逃避税务、社保等义务，而虚假地将非工资款项按工资入账，则属于违法行为。
- 法律后果：可能面临税务部门的处罚、社保部门的追缴以及劳动者的维权诉讼等风险。
四、建议与风险提示
明确法律关系：
- 在支付款项前，应明确双方的法律关系，确保款项性质与法律关系相符。
合规入账：
- 根据款项性质选择合适的入账方式，并保留相关凭证和记录。
税务合规：
- 确保税务申报和缴纳符合相关法律法规的要求，避免税务风险。
咨询专业律师：
- 若对款项性质或入账方式存在疑问，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见。
如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。