结论：签劳动合同的公司与实际发放工资的公司不一致，可能会对劳动者产生多方面的影响，包括但不限于劳动关系认定、工资支付责任、社保缴纳、工伤认定与赔偿以及维权难度增加等。
详细分析：
劳动关系认定问题：
- 通常情况下，劳动合同是认定劳动关系的主要依据。但如果实际发放工资的公司与签劳动合同的公司不一致，可能会引发关于真实劳动关系的争议。
- 在这种情况下，劳动者可能需要通过其他证据（如工作证、考勤记录、工作邮件等）来证明与哪家公司存在实际的劳动关系。
工资支付责任问题：
- 如果签劳动合同的公司与实际发放工资的公司不是同一主体，当工资支付出现问题时（如拖欠工资），劳动者可能面临向哪家公司追讨工资的困惑。
- 根据相关法律法规，劳动者有权要求与其建立劳动关系的用人单位支付工资。因此，关键在于确定哪家公司与劳动者建立了真实的劳动关系。
社保缴纳问题：
- 社保缴纳通常与劳动关系紧密相关。如果签劳动合同的公司与实际发放工资的公司不一致，可能会导致社保缴纳出现混乱或遗漏。
- 劳动者应确保自己的社保由与其建立劳动关系的用人单位缴纳，以保障自己的社保权益。
工伤认定与赔偿问题：
- 在发生工伤时，工伤认定和赔偿通常与劳动关系和社保缴纳情况有关。如果签劳动合同的公司与实际发放工资的公司不一致，可能会影响工伤的认定和赔偿。
- 劳动者应确保在发生工伤时，能够迅速确定责任主体，并依法获得相应的工伤赔偿。
维权难度增加：
- 当签劳动合同的公司与实际发放工资的公司不一致时，劳动者在维权时可能面临更多的困难和挑战。例如，可能需要同时向两家公司主张权利，或者需要证明两家公司之间的关联关系等。
- 劳动者应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、工作证等，以便在维权时能够提供有力的支持。
建议：
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同内容，确保合同中的用人单位与实际发放工资的公司一致。
- 如果发现签劳动合同的公司与实际发放工资的公司不一致，劳动者应及时与用人单位沟通，要求明确劳动关系和工资支付责任。
- 劳动者应保留好与工作相关的所有证据，以便在发生争议时能够依法维护自己的权益。
- 如果遇到复杂的劳动关系问题或工资支付问题，劳动者可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。