结论：因休病假2个月，一般不需要扣除已休年假的工资，但具体是否扣除需结合病假时长与年假时长的对比、公司规章制度以及劳动合同的约定来综合判断。
分析说明：
病假与年假的性质：
- 病假：是员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，企业根据员工实际工作年限和在本单位工作年限，给予一定期限的医疗期，并在此期间支付病假工资或疾病救济费。
- 年假：是员工连续工作满一定年限后，依法享有的带薪休假权利。年假的目的是为了保障员工的休息权，提高工作效率。
病假时长与年假时长的关系：
- 如果员工的病假时长未超过其应享有的年假时长，且公司规章制度或劳动合同中未明确规定病假需扣除年假工资，那么员工在休病假期间不应被扣除已休年假的工资。
- 如果员工的病假时长超过了其应享有的年假时长，或者公司规章制度、劳动合同中有明确规定病假需扣除年假工资（但这种规定需合法合理，且不得违反法律法规的强制性规定），那么超出部分或按照规定可能需要扣除相应的年假工资。不过，在大多数情况下，病假和年假是两种独立的休假制度，病假并不直接导致年假工资的扣除。
公司规章制度与劳动合同的约定：
- 公司规章制度和劳动合同是员工与公司之间权利义务关系的重要依据。如果其中明确规定了病假与年假工资的处理方式，那么应按照规定执行。
- 但需要注意的是，公司规章制度和劳动合同中的规定不得违反法律法规的强制性规定，否则将被视为无效。
法律建议：
- 查阅公司规章制度和劳动合同：首先，建议您查阅公司的规章制度和与您签订的劳动合同，了解其中关于病假和年假工资的具体规定。
- 与公司沟通协商：如果您认为公司的规定或做法不合理，或者与您的理解存在分歧，建议您与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
- 寻求法律援助：如果沟通协商无果，且您认为自己的合法权益受到了侵害，您可以考虑寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁。
可能后果：
- 如果公司未经合法程序擅自扣除您的年假工资，且该行为违反了法律法规或公司规章制度的规定，您有权要求公司补发被扣除的工资，并可能因此获得相应的经济补偿。
- 如果您因病假时长超过年假时长而需要承担部分年假工资的扣除（且该规定合法合理），那么您需要按照公司规定或劳动合同约定承担相应的责任。但这种情况相对较少见，且需具体分析。