面对协议丢失且对方不承认的情况，你仍有多种途径可以维护自己的合法权益，关键在于及时采取行动，全面搜集证据，并通过友好协商或法律手段来解决问题。以下是一些具体的建议：

一、立即沟通与协商

1. 及时通知对方：第一时间告知对方协议书丢失的情况，说明原因，并表达希望共同解决问题的意愿。这有助于建立沟通的基础，避免对方因不知情而产生误解或抵触情绪。
2. 协商补签或复印：提议重新签订或请求对方提供副本。在补签时，可以附加一份说明文件，阐明重签的背景和原因，以确保双方对协议内容的理解和认可。

二、全面搜集证据

1. 查找备份：仔细检查个人档案、电子设备、云存储等，寻找协议书的任何形式的备份。有时候，我们可能无意中将协议保存在了其他地方，或者有电子版的备份。
2. 第三方查询：如果协议涉及公证、中介或行业协会等第三方机构，可以向其申请调取存档副本。这些机构通常会有协议的存档记录，可以作为有力的证据。
3. 收集辅助证据：
   • 证人证言：寻找知晓协议签订及履行的第三方证人，如共同的朋友、合作伙伴等，让他们出具书面证言或出庭作证。
   • 履行协议的记录：如转账凭证、物流单据、往来邮件和聊天记录等，这些都能间接证明协议的存在和内容。例如，如果你按照协议向对方支付了款项，那么转账记录就是一个有力的证据。
   • 其他相关文件：如备忘录、会议纪要等，也可能反映协议的相关信息，可以作为辅助证据。

三、利用法律手段

1. 法院调查取证：如果自行搜集证据困难，可以向法院提起诉讼并申请调查取证。法院有权要求相关单位和个人提供协助，帮助你获取关键证据。
2. 司法鉴定：对于争议较大的书面材料或电子数据，可以通过司法鉴定确认其真实性和完整性。例如，如果对方提供了伪造的协议副本，你可以通过司法鉴定来揭露其真面目。
3. 申请证据保全：在紧急或重要情况下，还可以向法院申请证据保全，以确保关键证据不被销毁或篡改。

四、其他建议

1. 保持冷静理性：在处理此类问题时，保持冷静和理性至关重要。避免情绪化行为影响问题的解决，以平和的态度与对方沟通协商。
2. 加强保管与法律意识：未来应更加重视协议书的保管，采取多重备份措施，如将协议保存在多个电子设备或云存储中。同时，增强对合同签订、履行过程中法律风险的认知，避免类似纠纷的再次发生。

举例说明：假设你与一家公司签订了一份合作协议，但后来协议原件丢失了。对方开始否认合作关系的存在。此时，你可以先尝试与对方沟通协商，看是否能达成一致意见。如果协商无果，你可以开始搜集证据，如查找电子版的协议备份、收集转账凭证和往来邮件等。如果证据充分，你可以向法院提起诉讼并申请调查取证或司法鉴定来维护自己的权益。

总结与展望：面对协议丢失及对方不承认的挑战，关键在于积极应对、全面搜集证据，并灵活运用法律手段维护自身权益。通过及时沟通、细致的证据搜集工作以及必要的法律支持，你有望成功解决这一问题。同时，也建议你加强协议书的保管和法律意识的培养，以预防类似纠纷的再次发生。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。