结论：在司法实践中，“事实不清、证据不足”并不直接决定是否立案，但会影响立案后的案件走向。具体来说，立案阶段对证据的要求相对较低，只要初步认为有犯罪事实且需要追究刑事责任即可立案；然而，随着案件的推进，对证据的要求会逐渐提高，若证据持续不足，将影响案件的最终处理结果，如撤销案件、不起诉或无罪判决等。

详细分析：

1. 刑事诉讼中的立案阶段：

   • 根据《刑事诉讼法》第112条，公安机关、人民检察院或人民法院在接到报案等材料后，只要认为有犯罪事实且需要追究刑事责任，即可立案。此时，并不要求证据充分，只需有证据显示可能存在犯罪事实。例如，在盗窃案件中，被害人提供了案发时间、地点等基本信息，公安机关即可立案侦查，即便此时尚未掌握充分的直接证据。

2. 刑事诉讼中的侦查、起诉和审判阶段：

   • 侦查阶段：若在侦查过程中，发现证据不足无法查明犯罪事实，根据《刑事诉讼法》第163条，公安机关应撤销案件。这意味着，尽管案件已经立案，但若后续无法收集到充分证据，案件可能会被终止。
   • 起诉阶段：在审查起诉阶段，若检察院认为证据不足，可能会退回补充侦查或直接撤销案件。特别是经过二次补充侦查仍证据不足的，检察院应作出不起诉决定（《刑事诉讼法》第一百七十五条第四款）。这表明，证据不足在起诉阶段是一个重要的考量因素，可能直接导致案件无法进入审判程序。
   • 审判阶段：若案件进入审判阶段，但证据不足，法院将作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。这是司法公正的重要体现，确保了只有证据充分的案件才能对被告人定罪量刑。

3. 民事诉讼和行政诉讼中的类似情况：

   • 虽然用户的问题主要聚焦于刑事诉讼，但值得注意的是，在民事诉讼和行政诉讼中，也存在类似的情况。即立案阶段对证据的要求相对较低，但审理和判决阶段对证据的要求较高。若原告无法提供充分证据支持其诉讼请求，将面临败诉风险。例如，在民间借贷纠纷中，若原告无法提供借条、转账记录等有效证据，法院可能会判决驳回其诉讼请求。

法律建议：

• 对于报案人或控告人：在报案或控告时，应尽可能提供详细、准确的证据材料，以支持自己的主张。若证据不足，应积极配合侦查机关的调查工作，及时补充证据。
• 对于犯罪嫌疑人或被告人：若面临“事实不清、证据不足”的情况，应积极行使自己的辩护权利，提供无罪或罪轻的证据和线索。同时，也可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。
• 对于司法机关：在立案、侦查、起诉和审判等各个环节中，应严格遵循法定程序和证据规则，确保案件的公正处理。对于证据不足的案件，应及时作出相应的处理决定，避免案件久拖不决。

可能后果：

• 若案件因“事实不清、证据不足”而无法立案或立案后被撤销、不起诉或无罪判决，报案人或控告人可能会面临无法追究犯罪嫌疑人或被告人刑事责任的风险。
• 对于犯罪嫌疑人或被告人而言，若案件因证据不足而无法定罪量刑，则可能避免不必要的刑事处罚和名誉损失。然而，这也并不意味着他们完全摆脱了法律责任，因为民事赔偿等民事责任仍可能存在。

总之，“事实不清、证据不足”在司法实践中是一个复杂而重要的问题。它涉及立案、侦查、起诉和审判等多个环节，对案件的走向和结果具有重要影响。因此，在处理此类案件时，应严格遵循法定程序和证据规则，确保案件的公正处理。若您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。