结论：在公司不知情的情况下，队伍套取农民工工资作为工程款，公司是否承担责任需分情况讨论，主要取决于公司是否存在过错以及过错程度。
分析：
公司无过错情况：
- 如果公司能够证明自己对于队伍套取农民工工资的行为完全不知情，且已经尽到了合理的审查和管理义务，比如对工资发放流程有严格的监管措施，对队伍的行为进行了必要的监督和检查，那么公司通常不需要承担直接的法律责任。
- 在这种情况下，责任应主要由实施套取行为的队伍或个人承担，他们可能构成诈骗、挪用资金等违法行为，应依法受到惩处。
公司存在过错情况：
- 如果公司虽然声称不知情，但实际上存在管理疏忽或监管不力的情况，比如对工资发放流程缺乏有效监管，对队伍的行为未进行必要的监督和检查，导致队伍能够轻易套取农民工工资，那么公司可能需要承担一定的法律责任。
- 这种责任可能是基于公司的过错程度而定的，比如公司可能需要承担部分或全部的赔偿责任，以弥补农民工因此遭受的损失。同时，公司也可能面临行政处罚或刑事责任的风险，具体取决于违法行为的性质和后果。
法律建议：
对于公司而言：
- 应加强对工资发放流程的管理和监管，确保工资能够准确、及时地发放到农民工手中。
- 定期对队伍的行为进行监督和检查，及时发现并纠正可能存在的违法行为。
- 一旦发现队伍有套取农民工工资的行为，应立即采取措施制止，并依法追究相关责任人的法律责任。
对于农民工而言：
- 如果发现自己的工资被套取或未按时发放，应及时向公司反映情况，并要求公司给予合理的解释和赔偿。
- 如果公司未能给予满意的答复或处理，农民工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果公司被认定存在过错并需要承担责任，可能面临民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任的风险。具体后果取决于违法行为的性质、后果以及公司的过错程度等因素。
进一步思考：
- 在实际操作中，如何界定公司是否“知情”以及是否“尽到合理审查和管理义务”可能是一个复杂的问题。这需要根据具体情况进行综合分析，包括公司的管理制度、监管措施、队伍的行为表现等多个方面。
- 因此，建议公司在日常运营中加强法律意识和风险意识，建立健全的管理制度和监管机制，以降低法律风险并保障农民工的合法权益。
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