绩效制并不能成为用人单位拒绝支付加班工资的理由。以下从多个角度为你详细分析：
法律层面
加班工资的法定性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位在安排劳动者延长工作时间、休息日工作又不能安排补休、法定休假日工作等情形下，必须支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬，即加班工资。这是法律的强制性规定，用人单位必须遵守。
绩效工资与加班工资的性质区别：
- 绩效工资：是基于员工的工作业绩、工作成果、表现等方面进行综合评定后发放的工资部分，旨在激励员工提高工作效率和质量，属于奖励性报酬。
- 加班工资：是劳动者在规定工作时间之外继续生产劳动所获得的劳动报酬，是对劳动者额外付出劳动时间和精力的补偿，具有法定的补偿性质。
- 两者性质截然不同，不能相互替代或抵消。
实践层面
绩效工资是否纳入加班工资计算基数：
- 绩效工资是否作为加班工资的计算基数，并非一成不变，而是取决于绩效工资的性质、发放方式以及劳动合同中的相关约定。
- 正常情况下应纳入：如果绩效工资是相对固定的，与劳动者的工作时间、工作成果有稳定的关联，如每月根据固定的绩效考核指标发放，那么它应被视为劳动者正常出勤工资的一部分，从而纳入加班工资的计算基数。
- 不确定绩效工资：对于具有较大不确定性、发放数额和时间不固定的绩效工资，如年终绩效奖金，其更多地取决于企业的经营效益、个人特殊贡献等因素，而非劳动者正常工作时间内的稳定收入。在这种情况下，法院可能会根据具体情况决定是否将其纳入加班工资的计算基数。但无论如何，这并不影响用人单位在劳动者加班时支付加班工资的义务。
用人单位的义务：
- 用人单位必须分别计算和支付绩效工资与加班工资，不能将两者混淆或相互抵消。
- 如果用人单位存在以绩效工资抵消加班工资的违法行为，劳动者有权通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式，维护自己获取加班工资的合法权益。
建议与总结
- 对于劳动者：在签订劳动合同时，应关注加班工资的计算方式，并明确绩效工资是否纳入加班工资的计算基数。如果发生纠纷，及时咨询专业律师（即我）以获取准确的法律建议。
- 对于用人单位：应合理设定薪酬制度，明确加班工资的计算基数和支付方式，以避免潜在的法律风险。同时，要尊重劳动者的合法权益，按时足额支付加班工资。
综上所述，绩效制并不能成为用人单位拒绝支付加班工资的理由。无论用人单位采用何种薪酬制度，都必须遵守劳动法的规定，合理支付员工的加班工资。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。