结论：公司是否可以在租户（个人）已处理新能源车辆违章的情况下再罚款，需根据租赁合同的具体约定以及相关法律法规来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 合同有明确约定：如果租赁合同中明确规定了租户在租赁期间发生违章行为，即使租户已自行处理，公司仍有权根据合同约定进行罚款或采取其他违约责任措施，那么公司的行为可能是合法的。但需注意，合同中的罚款条款应合理，不得违反法律法规的强制性规定，如不得设定过高的罚款金额或采取不合理的处罚方式。
   • 合同无明确约定：如果租赁合同中没有明确约定公司可以在租户已处理违章的情况下再罚款，那么公司的行为可能缺乏合同依据，租户有权拒绝支付额外罚款，并可以依据合同法的相关规定维护自己的合法权益。

2. 法律法规角度：

   • 违章处理责任：根据《中华人民共和国道路交通安全法》等相关法律法规，违章行为的处理责任通常归属于违章行为的实施者，即租户。租户在租赁期间发生违章行为，应自行承担处理责任，包括缴纳罚款、接受扣分等。
   • 公司罚款的合法性：公司作为车辆出租方，并非违章行为的直接责任方，其无权直接对租户进行罚款，除非有法律法规的明确授权或合同中的明确约定。如果公司未经租户同意或未依据合同约定擅自罚款，可能构成违法行为，租户有权向相关部门投诉或寻求法律救济。

3. 实际操作建议：

   • 审查合同条款：租户在签订租赁合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于违章处理责任和罚款的约定。如发现合同条款存在不合理或违法之处，应及时与公司协商修改或拒绝签订。
   • 保留证据：租户在处理违章行为时，应保留好相关证据，如违章通知单、罚款缴纳凭证等，以备不时之需。
   • 协商解决：如果公司确实存在未经约定擅自罚款的行为，租户应首先与公司进行协商，寻求友好解决方案。如协商无果，租户可以向相关部门投诉或寻求法律救济。

特殊情况说明：如果租赁合同中约定了公司有权对租户的违章行为进行罚款，但罚款金额过高或处罚方式不合理，租户可以依据《中华人民共和国合同法》等相关法律法规的规定，主张合同中的罚款条款无效或请求调整罚款金额。

后续行动建议：如果您作为租户遇到了此类问题，建议您首先审查租赁合同的具体约定，并保留好相关证据。如有需要，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供进一步的法律建议和帮助。