核心结论：针对您提出的“借款合同签了三个月，后面又付了怎么办”这一问题，关键在于明确“后面又付了”的具体情形，这可能涉及合同履行期限的变更、利息支付、新的借款等多个方面。以下分情况详细说明：

1. 若“后面又付了”指的是在原定的三个月借款期限内或到期后，借款人按照合同约定或双方新的约定，继续支付了利息或部分本金：

   • 合同履行或变更：首先，要查看借款合同中是否有关于借款期限延长、利息支付方式变更等条款。如果有，且双方均按照变更后的条款履行，那么这属于合同的正常履行或变更，无需特别处理，但建议双方书面确认变更内容，以避免未来可能出现的纠纷。
   • 无明确约定时的处理：如果合同中没有相关条款，但双方通过实际行动（如借款人继续支付利息，出借人接受）表明了继续履行或变更合同的意思，这可能构成事实上的合同变更。然而，为了保障双方权益，最好还是通过书面形式明确变更内容，包括新的还款期限、利息等。

2. 若“后面又付了”指的是在原借款合同之外，借款人又向出借人支付了额外款项，且双方未明确该款项的性质：

   • 明确款项性质：这种情况下，首要任务是明确这笔额外款项的性质。是新的借款、利息的提前支付、还是对原借款的部分偿还？这需要通过双方协商或根据交易习惯、目的等来判断。
   • 签订补充协议：为了避免未来可能出现的争议，建议双方就这笔额外款项签订补充协议，明确其性质、还款期限、利息（如有）等关键条款。

3. 若“后面又付了”涉及的是借款到期后，借款人未能按时还款，但后续又支付了部分款项：

   • 还款顺序的确定：根据《民法典》及相关司法解释，当债务人给付不足以清偿全部债务时，且当事人没有约定的，应按照实现债权的有关费用、利息、主债务的顺序进行抵充。因此，如果借款人后续支付的款项不足以清偿全部债务，应优先用于支付利息或费用，剩余部分再用于偿还本金。
   • 协商或诉讼解决：如果双方对还款顺序、剩余债务金额等存在争议，应首先尝试通过协商解决。协商不成的，可以依法向人民法院提起诉讼，由法院根据事实和法律进行裁决。

建议：无论哪种情况，都建议双方保持沟通，尽量通过书面形式明确各自的权利和义务。如果涉及金额较大或情况复杂，不妨直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。