公司如果变相让员工签赔偿协议并制作阴阳合同，员工当然可以申诉，且应当积极采取措施维护自己的合法权益。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、阴阳合同的法律性质
阴阳合同，通常指的是合同双方就同一事项订立两份以上的内容不相同的合同，一份对内，一份对外。其中，对外的合同可能并不是双方真实意思表示，而是为了掩盖某种目的或规避法律责任而订立的。在劳动法律关系中，如果公司变相让员工签订赔偿协议，并制作阴阳合同，这种行为很可能构成欺诈或胁迫，导致合同无效或可撤销。
二、员工的申诉权利
向劳动监察部门投诉：员工可以向当地的劳动监察部门投诉公司的违法行为。劳动监察部门有权对公司的劳动用工行为进行监督检查，并对违法行为进行处罚。如果公司存在变相让员工签订赔偿协议并制作阴阳合同的行为，劳动监察部门可以依法进行调查处理。
申请劳动仲裁：员工还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求确认阴阳合同的无效或撤销，并主张自己的合法权益。劳动仲裁机构将依法进行裁决，保护员工的合法权益。
提起诉讼：如果员工对劳动仲裁结果不满意，还可以向人民法院提起诉讼，要求法院确认阴阳合同的无效或撤销，并判决公司承担相应的法律责任。
三、员工在申诉过程中应注意的事项
收集证据：员工在申诉过程中，应尽可能收集与阴阳合同相关的证据，如合同文本、聊天记录、邮件往来等。这些证据将有助于证明公司的违法行为和员工的权益受损情况。
保留原件：员工在收集证据时，应确保保留原件或原始载体，以便在申诉过程中提供有力的证明。
及时申诉：员工在发现公司存在变相让员工签订赔偿协议并制作阴阳合同的行为后，应及时向相关部门投诉或申请劳动仲裁，以免错过申诉时效。
四、可能的法律后果
如果公司被认定存在变相让员工签订赔偿协议并制作阴阳合同的行为，将可能面临以下法律后果：
合同无效或被撤销：阴阳合同可能因欺诈、胁迫等原因被认定为无效或被撤销，从而失去法律效力。
公司承担赔偿责任：如果员工的权益因公司的违法行为而受损，公司应承担相应的赔偿责任，包括赔偿员工的经济损失和精神损害等。
行政处罚：劳动监察部门有权对公司的违法行为进行处罚，包括罚款、责令改正等。
建议：作为员工，在面对公司变相让签订赔偿协议并制作阴阳合同的情况时，应保持冷静，及时收集证据并保留原件，然后向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。如果你在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。