员工吃饭超过规定时间被罚款的做法不合理。

首先，从法律角度来看，我国劳动法并未明确规定员工用餐时间的具体长度以及超时的处罚措施。因此，公司自行设定用餐时间限制并对超时员工进行罚款，缺乏直接的法律依据。

其次，员工用餐时间是员工在工作过程中的必要休息时间，是保障员工身体健康和工作效率的重要环节。公司应当合理安排员工的用餐时间，而不是通过罚款的方式来限制员工的用餐时间。

此外，罚款作为一种处罚措施，应当具有明确的法律依据和合理的处罚标准。公司自行设定的罚款标准（如超过一分钟罚一元，超过二分钟罚两元）缺乏公正性和合理性，容易引发员工的不满和争议。

综上所述，员工吃饭超过规定时间被罚款的做法不合理，既缺乏法律依据，又损害了员工的合法权益。建议公司应当重新审视这一做法，合理安排员工的用餐时间，并尊重员工的合法权益。如果员工对此类问题存在疑虑或争议，可以及时向公司人力资源部门反映，或者寻求法律援助以维护自己的合法权益。