公司基本户转账手续费本身是合法的，但具体合法性需结合手续费收取的依据、标准及合同约定等因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、从银行服务收费的角度

银行作为金融机构，提供转账服务时会投入一定的人力、物力和技术成本，因此收取转账手续费是合理的商业行为。这种收费行为通常会在银行与客户签订的开户协议或相关服务协议中明确约定，只要银行按照约定的标准收取手续费，且该标准不违反国家法律法规的强制性规定，那么这种收费就是合法的。

举例说明：假设公司与银行签订的开户协议中明确规定了基本户转账手续费的收取标准，如每笔转账收取一定金额或按转账金额的一定比例收取。在这种情况下，银行按照协议约定收取手续费就是合法的。

二、从合同约定的角度

公司与银行之间的开户协议或其他相关服务协议是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力。如果协议中明确约定了转账手续费的收取方式和标准，那么双方都应当遵守这一约定。如果公司认为银行收取的手续费不合理或违反了协议约定，可以通过协商、投诉或诉讼等方式维护自己的合法权益。

法律建议：公司在与银行签订开户协议或其他相关服务协议时，应当仔细阅读协议条款，特别是关于转账手续费等费用的收取规定。如果对协议条款有疑问或不满，应当及时与银行沟通并协商修改。

三、从法律法规的角度

目前，我国并没有直接规定公司基本户转账手续费必须合法或不合法的法律法规。但是，银行在收取手续费时必须遵守国家相关法律法规的规定，如《中华人民共和国价格法》、《中华人民共和国商业银行法》等。这些法律法规对银行的服务收费行为进行了一定的规范和限制，要求银行在收取费用时必须公开、透明、合理，不得存在乱收费、高收费等违法行为。

可能后果：如果银行违反国家相关法律法规的规定收取转账手续费，公司可以向相关监管部门投诉或举报，要求银行退还多收的手续费并承担相应的法律责任。同时，公司也可以考虑通过诉讼等方式维护自己的合法权益。

四、特殊情况下的合法性判断

在某些特殊情况下，如银行存在欺诈、胁迫等违法行为导致公司被迫接受不合理的转账手续费时，这种收费行为就是不合法的。此外，如果银行未按照约定或法律法规的规定履行告知义务，导致公司对转账手续费的收取情况存在误解或不知情时，也可能影响收费行为的合法性。

举例说明：如果银行在未告知公司的情况下擅自提高了转账手续费的收取标准，并且未在公司转账时明确提示或告知这一变化，那么这种收费行为就可能构成欺诈或违约行为，是不合法的。

总结与建议：公司基本户转账手续费本身是合法的商业行为，但具体合法性需结合手续费收取的依据、标准及合同约定等因素综合判断。公司在与银行打交道时，应当保持警惕并仔细阅读相关协议条款，确保自己的合法权益不受侵害。如果有任何疑问或不满，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。