结论前置：在建设工程施工合同无效的情况下，工程款的认定主要依据《中华人民共和国民法典》及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，具体处理方式需根据工程验收情况、合同履行情况及双方过错等因素综合判断。

一、法律依据与条款解析

1. 《中华人民共和国民法典》第七百九十三条

   • 内容：建设工程施工合同无效，但建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。若建设工程经验收不合格，则按照以下情形处理：
     • 修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用；
     • 修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。
   • 应用：此条款为合同无效但工程合格的情况提供了补偿依据，并明确了不合格工程的处理方式，是处理此类纠纷的核心法律依据。

2. 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》

   • 第六条：建设工程施工合同无效，一方当事人请求对方赔偿损失的，应当就对方过错、损失大小、过错与损失之间的因果关系承担举证责任。损失大小无法确定，一方当事人请求参照合同约定的质量标准、建设工期、工程价款支付时间等内容确定损失大小的，人民法院可以结合双方过错程度、过错与损失之间的因果关系等因素作出裁判。
   • 第十九条：当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。
   • 第二十四条：当事人就同一建设工程订立的数份建设工程施工合同均无效，但建设工程质量合格，一方当事人请求参照实际履行的合同关于工程价款的约定折价补偿承包人的，人民法院应予支持。实际履行的合同难以确定，当事人请求参照最后签订的合同关于工程价款的约定折价补偿承包人的，人民法院应予支持。
   • 应用：这些条款进一步细化了合同无效时工程款的认定规则，为法院裁决提供了具体指导。

二、综合应用与解释

1. 合同无效但工程合格

   • 处理方式：承包人有权请求参照合同约定的工程价款进行折价补偿。法院在裁决时，会综合考虑双方过错、损失大小及因果关系等因素，确保裁决的公平性和合理性。
   • 示例：若因发包人原因导致合同无效，但工程已验收合格，承包人可依据合同约定请求支付工程款，并可能获得因合同无效而产生的额外损失赔偿。

2. 合同无效且工程不合格

   • 处理方式：
     • 若工程经修复后验收合格，发包人可请求承包人承担修复费用，并按合同约定支付工程款（扣除修复费用后）。
     • 若修复后仍不合格，承包人无权请求折价补偿，且需对因工程不合格造成的损失承担相应责任。发包人对损失有过错的，也应承担相应责任。
   • 示例：若因承包人施工质量问题导致工程不合格，且无法修复或修复后仍不合格，承包人不仅无权请求工程款，还可能需赔偿发包人因此遭受的损失。

3. 多份无效合同的情况

   • 处理方式：存在多份无效合同时，法院会根据实际履行情况、工程成本及双方过错等因素，确定参照哪一份合同进行结算。若实际履行的合同难以确定，则倾向于参照最后签订的合同。
   • 示例：若发包人与承包人先后签订了多份建设工程施工合同，且均因违反法律法规而无效，但工程已验收合格，法院会综合考虑各份合同的履行情况、工程成本及双方过错等因素，确定最终的工程款结算依据。

三、实际操作建议

• 签订合同时：应确保合同条款的合法有效性，避免违反法律法规的强制性规定和公序良俗。同时，明确约定工程计价标准、质量标准、工期等关键条款，以减少后续纠纷的风险。
• 合同履行过程中：双方应严格遵守合同约定，确保工程质量符合标准。若发生设计变更或工程量增减等情况，应及时签订补充协议，明确变更后的工程价款和工期等事项。
• 纠纷发生时：双方应积极协商处理工程款问题，必要时可寻求法律途径解决。在诉讼过程中，当事人应充分举证证明自身主张，包括过错程度、损失大小及因果关系等关键要素。

综上所述，建设工程施工合同无效时工程款的认定是一个复杂而细致的过程，需要综合考虑多种因素并严格遵循相关法律法规及司法解释的规定。若您在此类问题上遇到困惑，不妨直接向我咨询，我会用我的专业知识和经验，为您拨开迷雾，指明方向。