在土地和建设规划违法竞合的情况下，通常应由自然资源主管部门（原国土资源部门）和城乡规划主管部门根据各自的职责范围分别进行处罚，若存在职责交叉，则可能由共同的上级机关指定管辖或联合执法。以下是对此问题的详细分析：
一、部门职责划分
自然资源主管部门：
- 职责：主要负责土地管理，包括土地利用规划、土地审批、土地执法等。在土地违法方面，如非法占用土地、擅自改变土地用途等，自然资源主管部门有权进行查处。
- 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，自然资源主管部门对土地违法行为具有执法权。
城乡规划主管部门：
- 职责：主要负责城乡规划的制定、实施和监督，包括建设项目的规划审批、规划执法等。在建设规划违法方面，如未取得规划许可进行建设、违反规划条件进行建设等，城乡规划主管部门有权进行查处。
- 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，城乡规划主管部门对建设规划违法行为具有执法权。
二、违法竞合的处理
当土地违法和建设规划违法同时存在时，即构成违法竞合。在这种情况下，两个部门应根据各自的职责范围分别进行处罚：
分别处罚：
- 自然资源主管部门对土地违法行为进行处罚，如责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状等。
- 城乡规划主管部门对建设规划违法行为进行处罚，如责令停止建设、限期改正、罚款、没收违法所得或没收实物、强制拆除等。
联合执法或指定管辖：
- 在某些情况下，如果两个部门的职责存在交叉或难以明确划分，可能由共同的上级机关指定管辖或组织联合执法。
- 联合执法时，两个部门应密切配合，共同对违法行为进行查处，确保处罚的公正性和有效性。
三、实际操作中的注意事项
信息共享与协作：
- 自然资源主管部门和城乡规划主管部门应建立信息共享机制，及时通报土地和建设规划违法情况，以便对方及时介入处理。
- 在查处过程中，两个部门应相互协作，共同调查取证，确保处罚的准确性和合法性。
处罚的协调与统一：
- 在分别处罚时，两个部门应协调处罚的种类和幅度，避免出现重复处罚或处罚过轻过重的情况。
- 如果涉及罚款等经济处罚，两个部门应明确各自罚款的数额和依据，确保罚款的合理性和合法性。
后续监管与复查：
- 处罚后，两个部门应加强对违法行为的后续监管和复查，确保违法行为得到彻底纠正，防止再次发生。
举例说明：假设某企业未经批准非法占用土地并擅自建设厂房，既违反了土地管理法规，也违反了城乡规划法规。在这种情况下，自然资源主管部门应对其非法占用土地的行为进行处罚，如责令退还土地、拆除建筑物等；城乡规划主管部门应对其擅自建设的行为进行处罚，如责令停止建设、罚款等。如果两个部门的职责存在交叉或难以明确划分，则可能由共同的上级机关指定管辖或组织联合执法。
建议：如果您遇到土地和建设规划违法竞合的情况，建议及时向当地自然资源主管部门和城乡规划主管部门报告，并配合相关部门的调查和处理工作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。