结论：交通事故中伤者住院90天后死亡，是否构成交通肇事罪不能一概而论，需结合具体案情和法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、交通肇事罪的构成要件
根据《中华人民共和国刑法》第一百三十三条的规定，交通肇事罪是指违反交通运输管理法规，因而发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的行为。构成交通肇事罪，需同时满足以下几个要件：
- 行为要件：行为人必须违反了交通运输管理法规，如超速、酒驾、疲劳驾驶等。
- 结果要件：必须发生了重大事故，即致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失。
- 因果关系要件：行为人的违法行为与事故结果之间必须存在直接的因果关系。
二、伤者住院90天后死亡与交通肇事罪的关系
死亡时间与因果关系：
- 伤者住院90天后死亡，并不直接决定是否构成交通肇事罪。关键在于死亡结果是否与交通事故有直接的因果关系。
- 如果死亡是由于交通事故导致的直接伤害（如颅脑损伤、内脏破裂等）未得到及时治疗或治疗无效而死亡，那么死亡结果与交通事故存在直接因果关系，可能构成交通肇事罪。
- 如果死亡是由于其他原因（如伤者自身疾病、医疗事故等）导致，与交通事故无直接因果关系，则不构成交通肇事罪。
责任认定：
- 交通事故的责任认定由交警部门根据现场勘查、证人证言、监控视频等证据进行。责任认定结果（如全责、主责、同责、次责）将直接影响是否构成交通肇事罪。
- 如果行为人被认定为主要责任或全部责任，且死亡结果与交通事故有直接因果关系，那么可能构成交通肇事罪。
情节严重程度：
- 即使构成交通肇事罪，也需要考虑情节严重程度。如是否逃逸、是否自首、是否积极赔偿等，这些因素将影响量刑。
三、具体案例分析
- 案例一：行为人酒驾导致交通事故，伤者住院治疗90天后因颅脑损伤死亡。经交警部门认定，行为人负全部责任。此情况下，行为人构成交通肇事罪。
- 案例二：行为人正常驾驶，因伤者自身原因（如突发心脏病）导致交通事故，伤者住院治疗90天后死亡。经交警部门认定，行为人无责任。此情况下，行为人不构成交通肇事罪。
四、法律建议
- 及时报警并保护现场：发生交通事故后，应立即报警并保护现场，等待交警部门处理。
- 积极配合调查：如实向交警部门陈述事故经过，提供相关证据。
- 咨询专业律师：如涉及交通肇事罪等刑事案件，建议及时咨询专业律师，了解法律后果和辩护策略。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供详细的法律建议。