员工手册中可以写扣款相关条款，但必须符合法律法规的强制性规定，且内容需具备合理性、合法性与程序正当性。具体分析如下：

1. 合法性前提：不得违反劳动法律法规的强制性规定
   根据《劳动合同法》《工资支付暂行规定》等法律，用人单位不得随意克扣员工工资。若员工手册中的扣款条款涉及以下情形，则属于违法：

   • 法定扣款范围外：如因员工迟到、未完成业绩等非法定事由扣款（法律仅允许代扣社保、个税、法院判决的抚养费等特定款项）；
     
   • 扣款比例超限：即使因员工过错造成损失，每月扣款也不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准；
     
   • 未履行告知义务：扣款条款需通过民主程序（如职工代表大会讨论）制定，并向员工公示或签字确认，否则对员工不产生约束力。

2. 合理性要求：扣款需与员工行为或损失存在直接关联
   员工手册中的扣款条款应明确具体触发条件（如“因故意或重大过失导致公司财产损失”）、扣款计算方式（如“按损失金额的30%扣款，最高不超过月工资20%”），避免使用模糊表述（如“视情节轻重扣款”）。若条款过于宽泛或显失公平，可能被认定为无效。

3. 程序正当性：需通过民主程序制定并公示
   根据《劳动合同法》第四条，员工手册作为规章制度，需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定，并向员工公示或送达签字确认。若未履行上述程序，即使条款合法，员工也有权主张不适用。

实务建议：

• 若需在员工手册中设置扣款条款，建议明确扣款情形、比例上限及计算方式，并附具体案例说明（如“遗失公司设备价值5000元，按损失的15%扣款，即750元”）；
  
• 定期审查员工手册条款，确保与最新法律法规（如地方性工资支付条例）一致；
  
• 扣款前需留存员工过错证据（如监控录像、书面检讨），避免纠纷时举证不能。
  

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