结论：劳动仲裁的被申请人注销后，劳动者是否可以直接起诉其股东，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、被申请人注销后的法律主体变化
当劳动仲裁的被申请人（即用人单位）注销后，其法律主体资格即告消灭。这意味着，原本作为仲裁被申请人的用人单位已不存在，无法再作为诉讼或仲裁的当事人。然而，这并不意味着劳动者的权益就无法得到保障。
二、股东的责任承担
股东未清算或清算不当的情况：
- 如果用人单位的股东在公司注销前未依法进行清算，或者清算过程中存在过错（如未通知债权人、隐匿财产等），导致劳动者无法获得应有的赔偿，那么劳动者有权要求股东承担相应的赔偿责任。
- 在这种情况下，劳动者可以直接起诉股东，要求其承担因清算不当或未清算而给劳动者造成的损失。
股东已依法清算的情况：
- 如果用人单位的股东在公司注销前已经依法进行了清算，并且清偿了所有债务（包括劳动者的劳动报酬、经济补偿等），那么股东通常不再承担额外的赔偿责任。
- 在这种情况下，劳动者无法直接起诉股东，因为股东已经履行了其法律义务。
三、法律程序与途径
申请变更仲裁被申请人（如可能）：
- 在某些情况下，如果用人单位注销后，其权利义务承受人（如新成立的公司、继承单位等）存在，劳动者可以向劳动仲裁机构申请变更仲裁被申请人，将新的权利义务承受人作为被申请人继续仲裁程序。
直接起诉股东（特定情况下）：
- 如前所述，在股东未清算或清算不当的情况下，劳动者可以直接起诉股东。这通常需要通过民事诉讼程序进行，劳动者需要准备充分的证据证明股东存在过错或违法行为。
寻求其他救济途径：
- 如果劳动者无法直接起诉股东，也可以考虑通过其他途径寻求救济，如向相关部门投诉、申请法律援助等。
四、实际操作建议
收集证据：
- 劳动者应尽可能收集与用人单位注销、股东清算等相关的证据材料，以便在需要时证明自己的权益。
咨询专业律师：
- 由于劳动仲裁和民事诉讼程序涉及复杂的法律问题和程序要求，劳动者在面临此类问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。不过在这里，你可以直接向我提问，我会尽我所能为你提供帮助。
关注时效问题：
- 劳动者在寻求法律救济时，应注意关注相关的时效问题，如申请仲裁的时效、起诉的时效等，以免因超过时效而丧失维权机会。
总结与启示：劳动仲裁的被申请人注销后，劳动者是否可以直接起诉其股东取决于股东是否依法进行了清算以及清算过程中是否存在过错。劳动者在面临此类问题时，应收集证据、咨询专业律师并关注时效问题，以维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。