结论：公司和法人之间备注往来款在法律层面是允许的，但需满足一定条件并注意潜在风险，具体需分情况讨论。以下从不同角度展开分析：

1. 法律允许性：形式合法但需符合实质要件

根据《民法典》及《公司法》相关规定，公司与法定代表人（法人代表）之间的资金往来本身不违法，但需满足以下条件：

• 用途真实：往来款需基于真实交易背景（如借款、报销、分红预支等），不得虚构用途掩盖非法目的（如抽逃出资、洗钱等）。
• 程序合规：若涉及借款，需签订书面合同并明确利息、期限等条款；若为分红，需按公司章程履行利润分配程序。
• 税务合规：往来款可能涉及增值税、企业所得税或个人所得税，需按税法规定申报纳税（如借款利息需代扣代缴个税）。

风险点：若未留存书面证据或用途不明，可能被税务机关认定为“视同分红”或“利益输送”，面临补税、罚款甚至刑事责任。

2. 会计处理：需严格区分资金性质

根据《企业会计准则》，公司与法人之间的资金往来需按性质分类记账：

• 借款：计入“其他应收款”或“其他应付款”，需附借款合同及还款计划。
• 报销：需提供发票等原始凭证，按费用类型计入成本或费用科目。
• 分红：需先完成利润分配决议，再通过“应付股利”科目核算。

风险点：若将借款长期挂账“其他应收款”，可能被认定为变相分红，需补缴20%个人所得税；若虚构往来款套取资金，可能涉嫌虚开发票或职务侵占。

3. 实务建议：如何合规操作

• 书面化：所有往来款均需签订书面协议（如借款合同、报销单），明确金额、用途、期限及责任。
• 留存证据：保存转账记录、发票、审批流程等原始凭证，以备税务或审计核查。
• 定期清理：避免长期挂账，尤其是法人向公司借款需在年度内归还，否则可能被征税。
• 避免关联交易：若法人同时控制其他企业，需注意关联交易定价公允性，防止利益转移。

总结：公司和法人之间备注往来款是可行的，但必须确保用途真实、程序合规、会计处理准确。若操作不当，可能引发税务、民事甚至刑事风险。如有具体场景或金额较大，建议进一步提供细节，我会为您定制合规方案。