在给予停业整顿行政处罚的同时，如果存在违法所得，行政机关通常还会依法没收违法所得。以下从不同角度为你详细分析：

法律依据角度

根据《中华人民共和国行政处罚法》第二十八条：“行政机关实施行政处罚时，应当责令当事人改正或者限期改正违法行为。当事人有违法所得，除依法应当退赔的外，应当予以没收。违法所得是指实施违法行为所取得的款项。法律、行政法规、部门规章对违法所得的计算另有规定的，从其规定。”

从这条法律规定可以明确看出，行政机关在实施行政处罚时，对于当事人存在违法所得的情况，除依法应当退赔的外，应当予以没收。停业整顿属于行政处罚的一种，所以当存在违法所得时，没收违法所得是符合法律规定的常规操作。

行政处罚目的角度

行政处罚的目的不仅仅是惩罚违法行为，更重要的是纠正违法行为、维护社会秩序和公共利益。没收违法所得能够直接剥夺违法行为人通过违法行为获得的利益，从经济上对其进行制裁，使其不能从违法行为中获利，从而有效遏制违法行为的发生。例如，一家企业通过违规经营获得了高额的违法所得，如果仅仅给予停业整顿的处罚，而不没收违法所得，那么该企业可能会在停业整顿期满后，凭借之前获得的违法所得继续违规经营。因此，没收违法所得与停业整顿处罚相结合，能够更全面地实现行政处罚的目的。

实际案例角度

在实际的行政执法过程中，对于存在违法所得且给予停业整顿处罚的案例，行政机关通常会同时作出没收违法所得的决定。比如，某餐饮企业因使用不符合食品安全标准的原材料进行食品加工销售，被市场监管部门给予停业整顿的处罚，同时，由于该企业通过销售不符合安全标准的食品获得了违法所得，市场监管部门依法没收了其违法所得。

给你的建议：如果你或者你身边的人遇到了被给予停业整顿行政处罚且涉及违法所得的情况，要积极配合行政机关的调查和处理。如果对行政机关作出的没收违法所得决定有异议，可以在法定期限内依法申请行政复议或者提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询，我会结合具体情况为你提供更详细的法律分析和建议。