针对违法行为正在调查中，而被处罚对象已停业的情况，可按以下思路处理：

1. 调查程序不受影响，继续推进
   违法行为调查的核心是查清事实、固定证据、明确责任，与被处罚对象的经营状态无直接关联。即使企业已停业，执法机关仍可依法通过调取账目、询问相关人员、委托鉴定等方式完成调查。若涉及刑事案件，公安机关还可对停业企业的实际控制人、直接责任人采取强制措施。
   法律依据：根据《行政处罚法》第37条，行政机关在调查时，有权要求当事人提供与违法行为有关的资料，当事人不得拒绝或隐瞒；若企业拒不配合，可依据《治安管理处罚法》第50条对责任人处以拘留或罚款。

2. 停业可能影响处罚执行，需提前规划
   若调查后认定需行政处罚（如罚款、没收违法所得），但企业已停业且无财产可供执行，可能导致处罚“落空”。此时需重点核查：

   • 企业是否彻底注销：若未注销，仍可对企业名下财产（如保证金、应收账款）执行；若已注销，需追溯股东是否滥用公司独立地位逃避债务（依据《公司法》第20条，股东可能需承担连带责任）。
     
   • 责任人是否明确：若违法行为由个人主导（如实际控制人决策），可直接对个人处罚，避免因企业停业导致责任落空。
     

3. 关注停业原因，防范风险转移
   需警惕企业通过“停业”转移资产或逃避处罚。例如：

   • 若企业停业前突击转移资金、设备，可能构成“隐匿、转移财产逃避执行”，可依据《民事诉讼法》第111条对责任人罚款、拘留；构成犯罪的，追究拒不执行判决、裁定罪。
     
   • 若企业停业是因违法行为导致（如环保不达标被责令停业），需同步核查是否已履行整改义务，避免“以停业代整改”规避监管。
     

4. 建议执法机关采取的实务措施

   • 及时查封、扣押财产：在调查阶段若发现企业有转移财产迹象，可依据《行政强制法》第18条采取查封、扣押措施，固定证据。
     
   • 公告送达文书：若企业停业导致法律文书无法直接送达，可通过公告方式送达（依据《民事诉讼法》第92条），确保程序合法。
     
   • 联动市场监管部门：若企业涉嫌注销逃避处罚，可协调市场监管部门暂缓办理注销登记，或依法撤销已注销登记（依据《市场主体登记管理条例》第40条）。
     

总结：企业停业不阻碍调查程序，但需提前规划处罚执行路径，重点核查财产转移、责任人明确性等问题。若您是执法人员或企业相关方，可进一步提供具体细节（如违法行为类型、停业原因等），我会结合实务经验为您细化应对方案。