公司自行停业6个月以上，在给予吊销执照行政处罚时，确实需要考虑有无正当理由。

首先，根据《中华人民共和国公司法》第二百一十二条第一款（注：此处为示例，实际条款编号可能因法律修订而有所变化，但内容核心意思相同）：“公司成立后无正当理由超过六个月未开业的，或者开业后自行停业连续六个月以上的，可以由公司登记机关吊销营业执照。”这一规定明确指出了公司自行停业连续六个月以上且无正当理由时，公司登记机关有权吊销其营业执照。

其次，这里的“无正当理由”是一个关键要素。如果公司能够证明其停业有正当理由，如因自然灾害、政策调整、市场变化等不可抗力因素导致的停业，或者公司正在积极筹备重新开业并采取了相应措施，那么公司登记机关在决定是否吊销营业执照时，应当考虑这些因素。

此外，从实际案例来看，如太湖县市场监督管理局对某建筑劳务有限公司的行政处罚告知书中，就明确指出了该公司“开业后自行停业连续六个月以上”的违法行为，并依据《中华人民共和国公司法》的相关规定，拟给予吊销营业执照的处罚。这一案例也说明了公司自行停业连续六个月以上且无正当理由时，将面临吊销营业执照的行政处罚。

综上所述，公司自行停业6个月以上时，公司登记机关在给予吊销执照行政处罚前，必须考虑公司是否有正当理由。如果公司能够证明其停业有正当理由，那么可能避免被吊销营业执照的后果。因此，公司在面临此类情况时，应当及时咨询专业律师，准备相关证据材料，以维护自身的合法权益。