劳动者签字同意实行综合工时制，原则上需要变更劳动合同，但具体是否必须变更需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律层面：综合工时制需明确约定或变更合同
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，综合计算工时工作制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。实行综合计算工时工作制，应由企业报经劳动行政部门批准，并在劳动合同中明确约定或通过变更劳动合同的方式予以确认。
合同变更的必要性：
- 若原劳动合同中未约定综合工时制，劳动者签字同意后，企业应与劳动者协商一致，变更劳动合同中的工时制度条款，以明确双方的权利和义务。
- 变更劳动合同是确保双方权益的重要法律手段，可以避免未来因工时制度产生的纠纷。
未变更合同的后果：
- 若未变更劳动合同，即使劳动者签字同意实行综合工时制，也可能因缺乏明确的合同约定而导致双方权益无法得到有效保障。
- 在发生纠纷时，劳动者可能主张企业未按照法定程序变更劳动合同，从而要求企业承担相应的法律责任。
二、实际操作层面：视具体情况而定
企业已获批准且合同有约定：
- 如果企业已经获得了劳动行政部门的批准，并且原劳动合同中已经明确约定了综合工时制，那么劳动者签字同意可能只是对原有约定的确认，此时可能无需再次变更合同。
企业未获批准或合同无约定：
- 如果企业尚未获得劳动行政部门的批准，或者原劳动合同中未约定综合工时制，那么劳动者签字同意后，企业必须按照法定程序申请批准，并与劳动者协商一致变更劳动合同。
劳动者权益保护：
- 无论是否变更合同，企业都应确保劳动者的休息休假权益不受侵害。实行综合工时制并不意味着可以无限制地延长工作时间，企业应按照法律规定支付加班费或安排补休。
三、建议与注意事项
企业角度：
- 在实行综合工时制前，应确保已经获得劳动行政部门的批准。
- 与劳动者协商一致，明确变更劳动合同中的工时制度条款，并签订书面变更协议。
- 加强对综合工时制的管理和监督，确保劳动者的休息休假权益得到保障。
劳动者角度：
- 在签字同意实行综合工时制前，应仔细阅读相关条款，了解自己的权益和义务。
- 如对工时制度有疑问或担忧，应及时与企业沟通并寻求法律帮助。
- 保留好相关证据，如签字同意的文件、劳动合同变更协议等，以备不时之需。
总结来说，劳动者签字同意实行综合工时制后，企业原则上应与其变更劳动合同以明确双方的权利和义务。但具体是否必须变更需结合企业是否已获批准、原合同是否已有约定以及双方协商情况等因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。