针对您提出的“保护区内的违法建筑怎么办”这一问题，我将结合相关法律法规和实际操作流程，为您提供一个详细且深入的解答。

首先，需要明确的是，在保护区（特别是农田保护区）内进行违法建筑是严重违反法律法规的行为，这不仅破坏了宝贵的土地资源，还可能对农业生产、生态环境等造成长远的不良影响。因此，对于此类行为，相关部门会采取一系列严格的处理措施。

一、立即制止违法行为

一旦发现有人在保护区内进行违法建设，相关部门（如自然资源主管部门、农业农村主管部门等）会立即介入，通过口头警告、书面通知等方式，明确告知当事人其行为的违法性，并责令其立即停止建设行为。这是为了防止违法后果的进一步扩大，保护土地资源不受进一步破坏。

二、依法拆除违法建筑

对于已经建成的违法建筑，相关部门会依据《中华人民共和国土地管理法》、《基本农田保护条例》等相关法律法规的规定，要求当事人在规定期限内自行拆除，并恢复土地原状。如果当事人拒不拆除，相关部门有权采取强制措施进行拆除，并可能处以罚款等行政处罚。拆除工作可以由相关部门组织专业队伍进行，以确保拆除过程的安全和有效。

三、追究法律责任

除了拆除违法建筑外，对于情节严重的违建行为，相关部门还会依法追究当事人的法律责任。这可能包括刑事处罚（如构成非法占用农用地罪）和行政责任（如罚款、没收违法所得等）。特别是对于涉及公职人员或国家机关工作人员的违建行为，相关部门会依法给予更严厉的处分，构成犯罪的，还会依法追究刑事责任。

四、加强监管与预防

为了防止类似违建行为的再次发生，相关部门会加强日常巡查和监管力度，及时发现和处理潜在的违建行为。同时，还会加强宣传教育，提高公众的法律意识和耕地保护意识，形成全社会共同参与耕地保护的良好氛围。

五、恢复土地原状

在拆除违法建筑后，相关部门会及时组织力量对被破坏的土地进行复垦和整理，恢复其原有用途和耕作条件。这有助于保障农业生产的正常进行和维护生态平衡。

具体案例与法律依据：

以农田保护区为例，如果某村民在未办理任何审批手续的情况下，擅自在基本农田上搭建简易房用于养殖，当地自然资源部门发现后，会立即责令其停止建设，并限期拆除违法建筑。如果当事人拒不配合，自然资源部门会联合其他部门采取强制拆除措施，并对当事人进行罚款处罚。这一处理过程严格依据了《中华人民共和国土地管理法》第七十七条等相关法律法规的规定。

综上所述，对于保护区内的违法建筑，相关部门会采取一系列严格的处理措施，包括立即制止违法行为、依法拆除违法建筑、追究法律责任、加强监管与预防以及恢复土地原状等。这些措施共同构成了保护土地资源、维护土地利用秩序的法律体系。希望这一解答能够帮助您更好地理解相关问题，并提醒您在日常生活中要严格遵守法律法规，合法合理地使用土地。