自离扣2000元工资是否合法，主要取决于劳动者的自离行为是否给用人单位造成了实际损失，并且用人单位在扣除工资时是否符合法定程序和限额规定。以下是对这一问题的详细分析：
一、自离与工资支付的基本原则
劳动者有取得劳动报酬的权利，这是法律赋予的基本权益。员工自离虽然可能违反了劳动合同中关于离职程序的规定，但并不意味着用人单位可以随意克扣其工资。工资是劳动者付出劳动后应得的报酬，除非有合法理由，否则用人单位不得无故克扣。
二、合法扣工资的情况
造成实际损失：
- 如果员工的自离行为确实给用人单位造成了实际损失，如因未完成工作交接导致业务中断、数据丢失等，用人单位有权要求员工赔偿。
- 这种赔偿应通过合法合理的方式进行，如按照双方事先的约定或依据实际损失情况来确定赔偿金额。但赔偿金额并非可以随意设定，而是需要基于实际损失进行合理估算。
扣除限额与最低工资标准：
- 在扣除赔偿金时，用人单位需遵守以下规定：每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。这意味着，即使员工自离给用人单位造成了损失，扣除的工资也不能无限制地增加，而是需要受到法定限额的约束。
三、不合法扣工资的情况
- 如果劳动者自离并未对用人单位造成实际损失，或者虽然造成了损失但用人单位未按照法定程序和限额进行扣除，那么用人单位扣2000元工资的行为是不合法的。
- 在这种情况下，劳动者有权要求用人单位足额支付工资，并可以通过法律途径来维护自身权益。
四、具体案例分析
假设一个员工的月工资为5000元，自离后用人单位声称造成了损失并要求扣除2000元工资。
如果实际损失确实存在且合理估算为2000元以内：
- 用人单位可以扣除的工资限额为当月工资的20%，即5000元的20%为1000元。
- 因此，扣除2000元工资超出了法定限额，是不合法的。
如果实际损失远超过2000元：
- 即使实际损失很大，用人单位也不能一次性扣除超过当月工资20%的部分。
- 超出部分可以通过其他合法途径进行追偿，如要求员工分期赔偿或通过法律诉讼解决。
五、维权途径
如果用人单位无故克扣工资，劳动者可以通过以下途径来维护自身权益：
- 协商：首先尝试与用人单位进行协商，要求足额支付工资。
- 投诉：若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正。
- 仲裁与诉讼：如果投诉仍未解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
综上所述，自离扣2000元工资并非一概而论地合法或不合法，而是需要根据具体情况来判断。如果你面临类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。