取保候审期间被扣工资是否补偿，需根据具体情况综合判断，主要取决于单位性质、规章制度、劳动合同约定以及最终刑事处理结果。以下是对不同情形的详细分析：
一、国家机关和事业单位工作人员
未被停职且正常工作：
- 若在取保候审期间，工作人员未被单位停职，且正常履行工作职责，单位一般会按照正常标准发放基本工资。但此期间不计算工龄，也不能参与绩效考核。若单位因此扣发工资，员工有权要求补发。
被停职：
- 若被单位停职，根据相关规定，停发原工资，并按一定比例计发生活费。具体比例根据身份不同有所差异，如原为国家公务员的，按本人原基本工资额的75%计发。
- 若后续被宣告无罪，恢复工作后，单位应恢复其原工资待遇，包括补发停职期间的工资差额。
- 若被宣判有罪，将会面临开除处分，并取消其工资待遇，此时无补偿可能。
二、企业员工
劳动合同有约定：
- 企业可以根据自身的规章制度以及与员工签订的劳动合同来处理。如果劳动合同中有明确约定在员工被采取取保候审等刑事措施期间工资如何发放，并且该约定不违反法律法规强制性规定，则按照约定执行。
- 若约定补发：在取保候审结束后，若员工被认定无罪或免予追究刑事责任，企业应按照约定补发工资。
- 若约定不补发或解除合同：则需根据约定执行，但企业不得违反法律法规的强制性规定。
劳动合同无约定：
- 实践中，很多企业会选择停发工资，待最终刑事判决结果出来后再做进一步处理。
- 若最终员工被认定无罪：企业可能需要补发工资，具体需根据企业规章制度和实际情况判断。若企业规章制度或劳动合同中有相关规定，且不违反法律法规，可按约定执行；若无规定，员工有权要求企业补发工资。
- 若员工被认定有罪：企业则可依据法律规定和规章制度决定是否解除劳动合同以及工资处理方式。若解除劳动合同，通常无需补发工资；若继续留用，则需根据新签订的劳动合同或企业规章制度确定工资待遇。
三、特殊情况下的工资处理
- 若员工在取保候审期间能够正常到岗工作：企业应按劳动合同的约定支付工资，不得随意扣发。
- 若员工因取保候审无法正常到岗工作：企业与员工可协商决定工资支付方式，如支付一定的基本生活费或根据企业规章制度停发工资。但这些做法必须符合法律法规和劳动合同的约定，不得随意侵犯员工的合法权益。
四、建议与总结
- 对于员工而言：在取保候审期间，应保留好相关证据，如工资条、劳动合同、取保候审决定书等，以便在需要时维护自己的合法权益。若单位扣发工资，可先与单位协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于企业而言：应制定完善的规章制度，明确员工在取保候审等刑事措施期间的工资待遇处理方式，并确保规章制度符合法律法规的强制性规定。同时，在处理此类问题时，应遵循公平、公正、合理的原则，避免侵犯员工的合法权益。
总之，取保候审期间被扣工资是否补偿需根据具体情况综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。