结论：公司要求因身体原因不能胜任工作岗位的员工休息一年再协商赔偿的做法，不一定合理，需根据具体情况判断。以下从多个角度进行分析：
一、法律角度
医疗期规定：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。医疗期的长度根据职工实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，一般为3个月到24个月不等。
- 如果员工因身体原因需要休息，公司应首先确定其医疗期，并在医疗期内按照相关规定支付病假工资或疾病救济费，且不得解除劳动合同。
劳动合同解除与赔偿：
- 如果员工在医疗期满后仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，公司可以提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同，并依法支付经济补偿。
- 经济补偿的计算标准通常按照员工在公司工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
公司要求的合理性：
- 公司要求员工休息一年再协商赔偿，这一做法可能超出了法律规定的医疗期范围。除非员工确实需要如此长的休息时间，并且公司能够证明这一点，否则这一要求可能缺乏法律依据。
- 如果公司未经员工同意，单方面决定让员工休息一年并延迟赔偿协商，可能构成对员工权益的侵犯。
二、实际操作角度
沟通协商：
- 在处理此类问题时，公司应与员工进行充分的沟通协商，了解员工的身体状况和实际需求。
- 双方可以共同寻求医疗机构的意见，以确定员工需要的休息时间和后续治疗方案。
灵活安排：
- 公司可以考虑根据员工的实际情况，灵活安排其工作任务和工作时间，如调整工作岗位、减轻工作强度、提供必要的辅助设施等，以帮助员工尽快恢复健康并重新投入工作。
- 如果员工确实需要长期休息，公司可以与其协商制定合理的休息计划和赔偿方案，确保双方的权益都得到保障。
三、建议与后果
建议：
- 对于员工而言，如果公司提出不合理的要求，可以与公司进行协商，寻求合理的解决方案。
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果公司坚持不合理的要求，并拒绝与员工协商或支付应有的赔偿，员工有权通过法律途径追究公司的责任。
- 公司可能因此面临法律诉讼、行政处罚以及声誉损失等不利后果。
总结：公司要求因身体原因不能胜任工作岗位的员工休息一年再协商赔偿的做法不一定合理。在处理此类问题时，公司应遵守相关法律法规，与员工进行充分的沟通协商，并寻求合理的解决方案。如果员工遇到不合理的要求或权益受到侵犯，应及时寻求法律援助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。