在劳动仲裁中，如果证据涉及保密协议里的内容，这并不影响其作为证据的提交，但需注意保密协议的合法性、内容相关性以及提交方式。以下是对这一问题的详细分析：

一、保密协议的合法性

首先，要确认保密协议本身是否合法有效。根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。保密协议应当明确保密的内容、范围、期限以及违约责任等条款。如果保密协议内容合法、双方自愿签订且未违反法律法规的强制性规定，那么该协议是有效的，其内容可以作为证据提交。

二、保密协议内容的相关性

在劳动仲裁中，提交的证据应当与争议事项具有关联性。如果保密协议中的内容与劳动仲裁的争议事项直接相关，比如涉及工资支付、加班费、解除劳动合同等争议，且保密协议中的条款对这些争议事项有直接影响或约束，那么这些内容就可以作为证据提交。例如，如果保密协议中规定了劳动者在离职后的一定期限内不得从事与原用人单位相竞争的业务，而这一条款与劳动者离职后的就业选择或经济补偿等争议有关，那么该条款就可以作为证据。

三、提交方式及注意事项

1. 提交原件或复印件：在提交保密协议作为证据时，应当尽量提交原件。如果原件无法提交，也可以提交复印件，但需要确保复印件的真实性和完整性，并可能需要其他证据来佐证其真实性。
2. 保护商业秘密：由于保密协议往往涉及用人单位的商业秘密，因此在提交证据时需要注意保护这些秘密不被泄露。可以在提交前对保密协议中的敏感信息进行遮盖或处理，或者在提交时向仲裁庭说明需要保密的内容，并请求仲裁庭采取相应的保密措施。
3. 配合其他证据：保密协议作为单一证据可能不足以证明争议事项的全部事实。因此，在提交保密协议时，还需要配合其他相关证据，如工资单、加班记录、解除劳动合同通知书等，以形成完整的证据链。

四、可能面临的法律后果

如果保密协议内容合法且与争议事项相关，但劳动者或用人单位在仲裁过程中拒绝提交或隐瞒相关证据，可能会面临不利的法律后果。根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，当事人应当对自己的主张提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。因此，在劳动仲裁中，积极、全面地提交证据是维护自身权益的重要手段。

总结来说，劳动仲裁中涉及保密协议的内容可以作为证据提交，但需确保保密协议的合法性、内容的相关性以及提交方式的合规性。如果你在劳动仲裁过程中遇到相关问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。