商标侵权纠纷和著作权侵权纠纷在一定条件下是可以合并审理的，但并非所有情况下均可合并。是否合并审理需由法院根据案件的具体情况，依据法律规定和司法实践来决定。以下从可以合并审理的情形、不能合并审理的情形以及实践中的处理原则三个方面进行详细说明：
可以合并审理的情形
权利客体存在交叉：若某一商标的设计本身构成受著作权保护的作品，且同时存在他人未经许可在类似或相关商品上使用该商标（构成商标侵权），以及对该商标所蕴含的作品进行抄袭、复制等（构成著作权侵权），由于这两种侵权行为围绕同一客体展开，法院可考虑合并审理。例如，一个具有独特设计的商标图案，既被他人未经许可用于商品包装上构成商标侵权，又被他人抄袭用于其他产品上构成著作权侵权，此时法院可能会将两个侵权纠纷合并审理。
基于同一事实或法律关系：例如，在一个商业合作项目中，一方未经授权使用了包含特定商标及相关著作权作品的设计方案，同时侵犯了商标权和著作权。这种基于同一商业活动、同一使用行为引发的不同类型知识产权侵权纠纷，符合合并审理的条件。比如，一家广告公司未经授权使用了某知名品牌的商标和其广告中的著作权作品，用于为客户制作广告，此时商标侵权和著作权侵权纠纷就可能合并审理。
不能合并审理的情形
若商标侵权纠纷和著作权侵权纠纷相互独立，没有上述紧密联系，则通常不会合并审理。例如，一个案件涉及某企业在服装上侵犯他人商标权，而另一个案件涉及该企业在不同产品线上侵犯他人的著作权作品，两者在事实、行为对象、法律关系等方面均无关联，此时法院应分别审理这两个案件。
实践中的处理原则
在实践中，虽然可能发生商标权与著作权的权利冲突，但解决的基本原则是“权利在先”原则，即对在先的权利给予保护，而在后的权利可能被认定侵犯在先权利。即使不能合并审理，受害人仍可选择同时起诉侵权人，以维护其合法权益。在诉讼过程中，需分别就商标侵权和著作权侵权进行举证和论证。比如，在一个案件中，如果原告同时主张被告侵犯了其商标权和著作权，但法院认为这两个侵权纠纷相互独立，那么法院可能会分别审理这两个侵权纠纷，要求原告分别就商标侵权和著作权侵权提供证据和进行论证。
综上所述，商标侵权纠纷和著作权侵权纠纷的合并审理需根据案件的具体情况和法律规定来判断。如果您有具体的案件或法律问题，欢迎直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。