针对供应商质疑函公章作假的问题，这是一个涉及政府采购活动公正性和合法性的重要事项。以下是我为您提供的清晰、详细、有深度的解答：

首先，我们需要明确的是，在政府采购活动中，供应商提出的质疑函必须严格按照规定格式和要求进行，其中包括质疑函的签字、盖章等程序。根据《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号）的相关规定，供应商所提出的质疑函应当由法定代表人、主要负责人签字或者盖章，并加盖公章。这是确保质疑函真实性和有效性的重要措施。

如果供应商质疑函中的公章被怀疑作假，处理流程应如下：

1. 初步核实：

   • 采购人或代理机构在收到质疑函后，应首先对质疑函的公章进行初步核实。可以通过比对供应商在以往交易或备案中使用的公章样式，或者通过其他途径验证公章的真实性。

2. 正式调查：

   • 如果初步核实发现公章可能存在作假情况，采购人或代理机构应立即启动正式调查程序。这包括向供应商发出书面通知，要求其提供进一步证明公章真实性的材料，如公章使用记录、公章备案证明等。
   • 同时，采购人或代理机构也可以邀请第三方专业机构对公章进行鉴定，以确保调查结果的客观性和准确性。

3. 处理决定：

   • 根据调查结果，采购人或代理机构应作出相应的处理决定。如果确认公章作假，应认定质疑函无效，并按照相关规定对供应商进行处罚，如取消其参与政府采购活动的资格等。
   • 如果调查结果显示公章真实，则应继续处理供应商的质疑事项，并按照《政府采购质疑和投诉办法》的相关规定进行答复和后续处理。

4. 沟通与反馈：

   • 在整个处理过程中，采购人或代理机构应保持与供应商的沟通，及时反馈调查进展和处理结果。同时，也应向相关部门和机构通报处理情况，以确保政府采购活动的透明度和公正性。

此外，还需要注意的是，如果供应商对质疑答复不满意，可以依法提起投诉。财政部门在处理投诉事项期间，可以根据具体情况书面通知采购人和采购代理机构暂停采购活动，以确保投诉处理的公正性和有效性。

综上所述，处理供应商质疑函公章作假的问题需要严谨、细致的调查和判断。采购人或代理机构应严格按照相关规定和程序进行处理，以确保政府采购活动的公正性、合法性和透明度。