分公司的专利登记在总公司是合法的，但具体操作需符合相关法律规定。

首先，从法律层面来看，分公司作为总公司的分支机构，并不具备独立的法人资格，其所有资产、权益和负债均归属于总公司。因此，分公司的专利作为无形资产，其所有权也归属于总公司，由总公司进行统一管理和行使权利。在这种情况下，将分公司的专利登记在总公司名下，是符合法律逻辑的。

其次，从实际操作层面来看，将分公司的专利登记在总公司名下，有利于专利的集中管理和统一布局。总公司可以根据整体战略需求，对分公司的专利进行统一规划、申请、维护和运营，从而提高专利的利用效率和价值。同时，这也有助于避免分公司因管理不善或人员变动等原因导致专利流失或权益受损。

然而，需要注意的是，虽然分公司的专利可以登记在总公司名下，但在具体操作过程中还需遵循相关法律法规和程序要求。例如，在专利申请阶段，需要明确申请人和发明人的身份及权利归属关系；在专利转让或授权过程中，需要履行相应的法律手续并支付相关费用等。

综上所述，分公司的专利登记在总公司是合法的，但具体操作时需严格遵守相关法律法规和程序要求，确保专利的合法性和有效性。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。