总公司赚钱后注册分公司是合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

1. 法律合规性角度：

   • 根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，总公司作为独立法人，有权根据其经营需要和战略规划，决定设立分公司。分公司的设立并不依赖于总公司当前的盈利状况，而是基于总公司的整体经营策略和市场需求。
   • 总公司盈利后，使用其合法所得进行分公司的注册和运营，是符合法律规定的。只要总公司的资金来源合法，且用于分公司的注册资金符合相关法律法规的要求，这种行为就是合法的。

2. 财务管理角度：

   • 总公司盈利后，其资金属于公司所有，公司有权自主决定资金的使用方式，包括用于设立分公司。在财务管理上，总公司需要确保分公司的注册资金来源清晰、合法，并按照相关法律法规进行财务记录和报告。
   • 分公司作为总公司的分支机构，其财务状况通常会被纳入总公司的财务报表中。因此，总公司在设立分公司时，需要考虑到分公司的财务状况对总公司整体财务状况的影响。

3. 税务处理角度：

   • 总公司盈利后注册分公司，在税务处理上需要遵循相关税收法律法规。分公司作为非独立法人，其税务通常由总公司负责申报和缴纳。
   • 总公司需要确保分公司的税务处理符合税收法律法规的要求，避免出现税务违规行为。例如，分公司产生的收入、成本等需要准确计入总公司的税务申报中，以确保税务处理的准确性和合法性。

4. 实际操作建议：

   • 在设立分公司前，总公司应进行充分的市场调研和战略规划，确保分公司的设立符合公司的整体经营策略和市场需求。
   • 总公司应确保用于分公司注册的资金来源合法、清晰，并按照相关法律法规进行财务记录和报告。
   • 总公司应咨询专业的税务顾问或律师，确保分公司的税务处理符合税收法律法规的要求，避免出现税务风险。

可能存在的法律后果：

• 如果总公司使用非法所得或来源不明的资金进行分公司的注册和运营，可能会面临法律制裁，包括罚款、没收违法所得等。
• 如果总公司在分公司的设立和运营过程中违反相关法律法规，如未按规定进行财务记录和报告、未按规定申报和缴纳税款等，也可能会面临法律制裁。

综上所述，总公司赚钱后注册分公司是合法的，但需要确保资金来源合法、财务处理规范、税务处理合规。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。