在商标侵权案件中，包装辅材通常不计入违法经营额。下面我将详细解释这一结论：

法律依据与解释

根据《中华人民共和国商标法》的相关规定，商标侵权的赔偿数额主要是依据权利人因被侵权所受到的实际损失、侵权人因侵权所获得的利益，或者参照该商标许可使用费的倍数来合理确定。在实际操作中，违法经营额的计算主要关注的是侵权商品本身的销售额，即侵权人通过销售侵权商品所获得的直接经济利益。

包装辅材，作为商品销售过程中的辅助材料，并不直接构成侵权商品的销售价值，也不直接产生经济利益。因此，在商标侵权案件中，包装辅材的价值通常不被计入违法经营额。

特殊情况考虑

当然，也存在一些特殊情况。如果包装辅材本身带有侵权商标，或者包装辅材与侵权商品的销售存在直接且紧密的关联，且这种关联对侵权商品的销售产生了显著影响，那么在某些情况下，法院可能会考虑将包装辅材的价值纳入违法经营额的计算中。但这种情况相对较为罕见，且需要具体案件具体分析。

结论总结

综上所述，在商标侵权案件中，包装辅材通常不计入违法经营额。但这一结论并非绝对，具体还需根据案件的具体情况和法院的判决来确定。如果你在实际操作中遇到相关问题，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更具针对性的法律建议。