在商标侵权案件中，计算违法经营额时，通常不需要去除人工费和配件费用。以下是对这一问题的详细分析：
一、违法经营额的计算原则
在商标侵权案件中，违法经营额的计算是确定侵权赔偿数额的重要依据。根据《中华人民共和国商标法》第六十三条的规定，赔偿数额可以按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定，也可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定。在计算侵权人因侵权所获得的利益时，通常应考虑侵权产品的全部销售收入，包括产品本身的价值以及与之相关的配件、人工等费用。
二、人工费和配件费用的处理
人工费：人工费是侵权产品生产、销售过程中不可或缺的一部分。在计算违法经营额时，人工费应被视为侵权成本的一部分，并包含在侵权产品的销售收入中。因此，不需要单独去除人工费。
配件费用：配件是侵权产品的重要组成部分，其费用也应被计入违法经营额中。无论是侵权产品本身的配件，还是为安装、使用侵权产品而提供的额外配件，其费用都应被视为侵权成本的一部分，并包含在侵权产品的销售收入中。同样，不需要单独去除配件费用。
三、实际操作中的考虑因素
证据收集：在计算违法经营额时，需要收集充分的证据来证明侵权产品的销售收入以及与之相关的成本。这包括销售合同、发票、收据、银行转账记录等。只有掌握了充分的证据，才能准确计算违法经营额。
合理开支：根据《中华人民共和国商标法》第六十三条的规定，赔偿数额应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。这些开支可能包括调查取证费用、律师费用等。在计算违法经营额时，虽然这些开支不直接构成侵权产品的销售收入，但它们是确定赔偿数额时需要考虑的因素。不过，合理开支并不涉及去除人工费和配件费用的问题。
特殊情况：在某些特殊情况下，如侵权产品与正品在配件或人工方面存在显著差异时，可能需要根据实际情况对违法经营额进行适当调整。但这种情况较为罕见，且需要充分的证据支持。
四、法律建议
全面收集证据：在商标侵权案件中，全面收集证据是计算违法经营额的关键。建议权利人积极收集与侵权产品销售相关的所有证据，包括销售合同、发票、收据等。
咨询专业律师：虽然我在这里为你提供了详细的法律分析，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理商标侵权案件时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。不过，既然你已经在向我咨询，我会尽我所能为你提供全面的法律支持。
注意赔偿数额的合理性：在确定赔偿数额时，除了考虑违法经营额外，还需要考虑权利人的实际损失、侵权人的过错程度以及社会公共利益等因素。确保赔偿数额的合理性有助于维护法律的公正和权威。
综上所述，在商标侵权案件中计算违法经营额时，通常不需要去除人工费和配件费用。如果你还有其他关于商标侵权的问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。