在商标侵权案件中，原辅料是否计入违法经营额，需根据具体情况来判断，但通常情况下，若原辅料是专门用于生产侵权商品的，则一般应计入违法经营额。以下从不同角度进行分析：
一、违法经营额的定义与计算
违法经营额，通常指的是侵权人在实施侵权行为过程中，所获得的全部非法收入或者为实施侵权行为所支出的全部费用。在商标侵权案件中，这主要包括销售侵权商品所得的收入，以及为生产这些侵权商品所采购的原材料、辅料等费用（如果这些费用能够明确区分且专门用于生产侵权商品）。
二、原辅料计入违法经营额的情形
专门用于生产侵权商品：
- 如果原辅料是专门为生产侵权商品而采购的，且这些原辅料在侵权行为中全部或部分被使用，那么这些原辅料的费用应当计入违法经营额。
- 例如，侵权人为了生产假冒某品牌的服装，专门采购了该品牌的商标、面料、辅料等，这些费用在计算违法经营额时都应被考虑进去。
无法区分用途：
- 如果原辅料既用于生产侵权商品，也用于生产其他合法商品，且无法准确区分其用途和数量，那么根据相关法律法规和司法实践，可能会按照一定比例或者合理方式将其部分费用计入违法经营额。
- 这种情况下，需要侵权人提供充分的证据来证明原辅料的合法用途和数量，以便准确计算违法经营额。
三、原辅料不计入违法经营额的情形
与侵权行为无关：
- 如果原辅料与侵权行为无关，例如侵权人采购的某些通用原材料或辅料，这些材料并未被用于生产侵权商品，或者虽然被用于生产但并非专门为侵权行为而采购，那么这些原辅料的费用通常不应计入违法经营额。
合法来源且未使用：
- 如果侵权人能够证明其采购的原辅料具有合法来源，且这些原辅料在侵权行为发生时并未被使用（例如，因故未投入生产或已退货等），那么这些原辅料的费用也不应计入违法经营额。
四、法律建议与风险提示
保留证据：
- 侵权人在处理商标侵权案件时，应妥善保留与原辅料采购、使用相关的所有证据，包括采购合同、发票、付款记录、库存记录等，以便在需要时证明原辅料的合法来源和用途。
咨询专业律师：
- 由于商标侵权案件的复杂性和专业性，侵权人在处理此类案件时，应咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保护。虽然我不能直接提供联系方式，但你可以直接向我咨询相关法律问题。
合规经营：
- 为了避免商标侵权纠纷，企业应加强合规管理，确保在采购、生产、销售等各个环节都遵守相关法律法规和商标使用规定，避免使用未经授权的商标或侵犯他人商标权。
综上所述，在商标侵权案件中，原辅料是否计入违法经营额需根据具体情况来判断。如果你面临此类问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。