针对实用新型侵权产品已经用于项目建设的情况，是否判决停止侵权，需分情况讨论：
侵权行为明确且持续存在：
- 若经法院或相关机构认定，该产品确实侵犯了实用新型专利权，且侵权行为仍在持续（例如，项目仍在建设中，且未停止使用侵权产品），则根据《中华人民共和国专利法》的相关规定，法院通常会判决侵权方立即停止侵权行为。这包括停止生产、销售、使用侵权产品，以及从项目中移除或替换侵权产品。
- 法律背景：专利权是法律赋予专利权人的独占性权利，任何未经许可的制造、使用、许诺销售、销售、进口其专利产品的行为，均构成侵权。法院在判决时，会优先考虑保护专利权人的合法权益，制止侵权行为的继续发生。
侵权行为已停止或难以执行停止侵权：
- 若在诉讼过程中，侵权方已经主动停止了侵权行为（例如，停止了使用侵权产品，或项目已经完工且无法替换侵权产品），或者由于项目特殊性（如涉及公共安全、重大经济利益等），执行停止侵权判决将造成难以弥补的损失，法院可能会根据具体情况，不判决或暂缓判决停止侵权。
- 法律建议：在此情况下，专利权人仍可要求侵权方承担赔偿责任，包括因侵权行为所遭受的损失、侵权人因侵权所获得的利益，以及为制止侵权行为所支付的合理开支。
- 特殊考量：对于涉及公共利益或重大经济利益的项目，法院可能会采取更为谨慎的态度，平衡专利权人的利益与公共利益之间的关系。
侵权方提出合法抗辩：
- 若侵权方提出合法抗辩，如先用权抗辩、权利用尽抗辩、为生产经营目的使用、许诺销售或者销售不知道是未经专利权人许可而制造并售出的专利侵权产品，能证明该产品合法来源的等，且抗辩理由成立，法院可能不会判决停止侵权，或会减轻侵权方的责任。
- 法律解释：先用权抗辩是指，在专利申请日前，他人已经制造相同产品、使用相同方法或者已经作好制造、使用的必要准备，并且仅在原有范围内继续制造、使用的，不构成侵权。权利用尽抗辩则是指，专利产品或者依照专利方法直接获得的产品，由专利权人或者经其许可的单位、个人售出后，使用、许诺销售、销售、进口该产品的，不构成侵权。
针对您的情况，我建议：
- 首先，收集并固定侵权证据，包括侵权产品的使用情况、项目建设的进度等，以便在诉讼中证明侵权行为的存在和持续。
- 其次，评估侵权行为的严重性和对自身权益的影响，决定是否提起诉讼以及诉讼的目标（如停止侵权、赔偿损失等）。
- 最后，在诉讼过程中，积极应对侵权方的抗辩，提供充分的证据和法律依据，以维护自身的合法权益。
若您在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。作为专注于知识产权、专利权领域的律师，我将为您提供专业、全面的法律服务。